New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1114875 = | 21 (0.730) | 5 (0.210) | 5/214 | 2.5 | 23.8% | intergenic (‑64/+115) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
? | NC_002947 | 1114951 = | 15 (0.640) | intergenic (‑140/+39) | rlmF/valS | ribosomal RNA large subunit methyltransferase F/valine‑‑tRNA ligase |
GGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATG > NC_002947/1114734‑1115013 | gccccgcctgcggtgatcgagaaggaacgcgccaaaccacctgagtccgaacaggccctggccaacttcaccgagcagcatgcgcggattgcagcgctgtaatcgctagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACaa > 1:401554‑M1/142‑150 (MQ=255) gccccgcctgcggtgatcgagaaggaacgcgacaagctactcttgtgcagacatgccctggccaacttcactgagcagcatgcgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACaa < 1:489417‑M1/9‑1 (MQ=255) gATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGc > 2:5860/1‑150 (MQ=255) gtgatcgagaaggaacgcgccaagctggccgagtccgaacaggccctggccaacttcaccgagcagcatgcgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCcac > 1:501916‑M1/130‑150 (MQ=255) gatcgagaaggaacgcgccaagctggccgagtccgaacaggccctggccaacttcaccgagcagcatgcgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACag > 2:240411‑M1/128‑150 (MQ=255) ccTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTg > 2:555455/1‑139 (MQ=255) ccTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTg < 1:555455/139‑1 (MQ=255) gaacaggccctggccaacttcaccgagcagcatgcgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCtgt > 1:241632‑M1/94‑150 (MQ=255) gggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCgg > 2:437509/1‑150 (MQ=255) ggtgggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGc > 2:244328/1‑150 (MQ=255) gggtTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCtt < 2:450170/150‑1 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGc > 1:164556/1‑75 (MQ=255) ggCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGc < 2:164556/75‑1 (MQ=255) cgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGa < 2:551518‑M1/61‑1 (MQ=255) cgcggattgcagcgctgtaatcactagagagaccgttggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGa > 1:551518‑M1/60‑120 (MQ=255) tCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg < 1:479163/120‑1 (MQ=255) tCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCg > 2:479163/1‑120 (MQ=255) cccTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTg > 2:307207/1‑96 (MQ=255) cccTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTg < 1:307207/96‑1 (MQ=255) cTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAAc < 1:437509/150‑1 (MQ=255) tataCGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACg < 1:516955/150‑1 (MQ=255) ttGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACATGGCCGCGCGCACAGGGGGGTCCCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAATGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGAtt > 2:209743/1‑150 (MQ=38) ttGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGAtt > 1:398961/1‑150 (MQ=255) ttGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGAtt > 2:537929/1‑150 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGa > 2:272729/1‑64 (MQ=255) ccTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGa < 1:272729/64‑1 (MQ=255) ggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGc > 1:21869‑M1/23‑88 (MQ=255) ggggccgctgtacggccctttcGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGc < 2:21869‑M1/66‑1 (MQ=255) gctgcGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTCTCGGTGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCcgc < 2:603064/150‑1 (MQ=255) gcAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCAtg < 1:244328/150‑1 (MQ=255) | GGCCTTGATCAGGCTGGGGAAGTCGTAGCGACCCTGGTGGCGGTTGCGCGGGTGCAGGGTGGGTTTGTTCGGGGTCATGGCAGTGTCCAGCCCTATACGAGCGGTGGCTTGAAGACCCTGGGGCTGCTGCGCAGCCCTTTTGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGGAGGGTGGCGCCTTGAAGGTTGGCGCCGTCCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGCCGTACAGCGGCCCCAACGGTCTCTCTAGTGATTACAGCGCTGCAATCCGCGCATG > NC_002947/1114734‑1115013 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |