| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,848,519 | Δ1 bp | 9.5% | coding (240/2268 nt) | PP_3397 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,848,519 | 0 | A | . | 9.5% | 117.3 / 8.0 | 42 | coding (240/2268 nt) | PP_3397 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/16); new base . (2/2); total (23/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.90e-01 | |||||||||||
CAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAACAGCGGAT > NC_002947/3848372‑3848667 | cAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCAcc < 1:382874/150‑1 (MQ=255) gcgcCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCTGGCGCAcggg < 2:531041/150‑4 (MQ=255) tCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCGGGCGCCCCGGGT‑Gcgcctg < 1:221883/150‑3 (MQ=255) tCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGC‑CCCGGGTGcgcctg < 1:537041/139‑3 (MQ=255) tCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGC‑CCCGGGTGcgcctg > 2:537041/1‑137 (MQ=255) gATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCAcc < 2:281494/150‑1 (MQ=255) ggggCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGc < 1:508437/136‑1 (MQ=255) ggggCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGc > 2:508437/1‑136 (MQ=255) gggCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAg < 2:577180/150‑1 (MQ=255) tCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATg < 1:372527/150‑1 (MQ=255) tATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACAt < 1:486827/104‑1 (MQ=255) tATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACAt > 2:486827/1‑104 (MQ=255) tATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCg > 2:574692/1‑150 (MQ=255) tACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCttgtt > 1:216241/1‑104 (MQ=255) tACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCttgtt < 2:216241/104‑1 (MQ=255) aaGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGAt > 2:570831/1‑150 (MQ=255) aaGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGAt > 1:209827/1‑150 (MQ=255) cAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGcc < 1:102622/99‑1 (MQ=255) cAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGcc > 2:102622/1‑99 (MQ=255) cTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GTGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTc > 1:334623/1‑108 (MQ=255) cTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GTGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTc < 2:334623/108‑1 (MQ=255) cTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCa > 2:2258/1‑150 (MQ=255) cTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGCGTCTATAACGATGCCCTGCCGCTGGTATGTCCAGATAACTGGCCa > 2:167479/1‑150 (MQ=255) tCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGC‑CCCGGGTGcgcctgg < 1:195002/73‑4 (MQ=38) tCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGC‑CCCGGGTGcgcctgg > 2:195002/1‑70 (MQ=38) aCCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCg > 1:61391/1‑150 (MQ=255) ccAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCga > 1:439598/1‑150 (MQ=255) cAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCgag < 1:2258/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGtt > 1:509766/1‑150 (MQ=255) aGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGt < 1:245917/150‑1 (MQ=255) cAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTACGGCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGcc > 1:574554/1‑150 (MQ=255) cgTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAAcc > 1:341652/1‑150 (MQ=255) gTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCt > 1:540217/1‑150 (MQ=255) caccaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGAt > 2:210925/1‑150 (MQ=255) accaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCt > 1:567293/1‑145 (MQ=255) accaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCt < 2:567293/145‑1 (MQ=255) ccaGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATAc > 1:339721/1‑150 (MQ=255) cccgggTGCGCCTGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAAcc < 2:340005/134‑1 (MQ=255) cccgggTGCGCCTGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAAcc > 1:340005/6‑139 (MQ=255) cgggTGCGCCTGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAg > 2:82481/4‑150 (MQ=255) ggCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAACAGc < 1:570831/150‑1 (MQ=255) cACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAACAGCGGat < 1:210925/150‑1 (MQ=255) | CAGCGCCGCGTTCGCCGCGCTGTCTGATGTCGATCCGGGGCCCTACACCTTCGCCACAGGTGGCTATCCGATGTGGTACAAGGACAGCCTCGACCAATCCCTGGAGCTGTGCCAGTCGCGTGCCACCAGCACCCGTGCGCCAGGCGCACCCGGG‑GCGCCCGCCTACATGTGCACCTTGTTGCCCGAGCCCGGGGTCTATGACGATGCCCTGCCGCTGGTATTTCCAGATAACTGGCCACCCGAGATGTTCTGGTTCCTGGCCGAAACCTCGATACCACAAGTCGGTAACAGCGGAT > NC_002947/3848372‑3848667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |