| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,738,868 | T→A | 13.7% | I123F (ATC→TTC) | PP_1532 ← | putative Phage integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,738,868 | 0 | T | A | 13.7% | 72.5 / 3.7 | 29 | I123F (ATC→TTC) | PP_1532 | putative Phage integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/11); new base A (2/2); total (16/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
TGGGTTGTAGTCGACCCAGCCCCTGGCCATGGCCCCCATGAAAAGGTCGCGCAGTAAGGAGCGCATAGCCCTGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATCCACTCGCTGAATTTCCGATCAGGCGCGCTCGGTT > NC_002947/1738722‑1739011 | tGGGTTGTAGTCGACCCAGCCCCTGGCCATGGCCCCCATGAAAAGGTCGCGCAGTAAGGAGCGCATAGCCCTGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGAAAcc > 1:484413/1‑150 (MQ=255)tGGGTTGTAGTCGACCCAGCCCCTGGCCATGGCCCCCATGAAAAGGTCGCGCAGTAAGGAGCGCATAGCCCTGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGAAAcc > 1:484356/1‑150 (MQ=255) tAGTCGACCCAGCCCCTGGCCATGGCCCCCATGAAAAGGTCGCGCAGTAAGGAGCGCATAGCCCTGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGctct > 1:303716/1‑150 (MQ=255) 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tGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGaa < 1:222089/91‑1 (MQ=255) ggCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTCCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCtt > 1:306610/1‑150 (MQ=255) ttACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAgg > 2:374117/1‑150 (MQ=255) tACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGAAACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGt < 2:484356/150‑1 (MQ=255) tACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGAAACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGt < 2:484413/150‑1 (MQ=255) cccTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCt < 2:228403/150‑1 (MQ=255) tttGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGaaa < 2:27623/125‑1 (MQ=255) tttGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGaaa > 1:27623/1‑125 (MQ=255) tttGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCaaa < 1:438749/150‑1 (MQ=255) aGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTcga > 1:27861/1‑150 (MQ=255) tCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTcgacga < 1:374117/150‑1 (MQ=255) aTAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCCTGCGGATACCGCACTCTGCGAATTCTTTCTCGACCCTGGTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATcc > 1:415078/1‑150 (MQ=255) aTCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATCCACTCGCt < 2:106771/150‑1 (MQ=255) aTGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATCCACTCGCTGAATTTc < 2:303716/150‑1 (MQ=255) tGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATCCACTCGCTGAATTTCCGATCAGGCGCGCTCGGtt > 1:306843/1‑150 (MQ=255) | TGGGTTGTAGTCGACCCAGCCCCTGGCCATGGCCCCCATGAAAAGGTCGCGCAGTAAGGAGCGCATAGCCCTGGCCATCTGGGCCTTACCCTCTTTGACGTAGGTCGATAGGTAATCCGCGATGTCCATGGTCGTCAGCGTGCGGATACCGCGCTCTCCGAATGCTTTCTCGACCCGGTTCAGTCGCATACGAAGGTTGCGCATGCTCGATTCTGAAAGCTCACGGTCCTTCAGGTCTGCAAAGTACTCGACGATCCACTCGCTGAATTTCCGATCAGGCGCGCTCGGTT > NC_002947/1738722‑1739011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |