| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,811,676 | T→A | 7.3% | T262S (ACG→TCG) | PP_1615 ← | LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,811,676 | 0 | T | A | 7.3% | 166.9 / 4.3 | 55 | T262S (ACG→TCG) | PP_1615 | LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/26); new base A (2/2); total (27/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
CCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGTT > NC_002947/1811530‑1811820 | ccGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGCACCGATCCTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAtt > 1:414972/1‑150 (MQ=255) agGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGtt > 2:368812/1‑150 (MQ=255) ggCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTg < 1:148410/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTg < 2:598586/150‑1 (MQ=255) gCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTgg < 2:576281/150‑1 (MQ=255) gCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTgg > 2:554931/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGAATACGGCGGtatg < 1:392387/150‑4 (MQ=255) gCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGAATACGGCGGtatg > 2:392387/1‑147 (MQ=255) aGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGCACCA‑ACCGCCGAATACGGCGGtatgggc < 1:523238/150‑7 (MQ=255) gTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCa > 1:460331/1‑150 (MQ=255) tCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAg > 2:217008/1‑150 (MQ=255) ccGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGca > 1:389217/1‑150 (MQ=255) gAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAtt < 2:178085/111‑1 (MQ=255) gAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTAtt > 1:178085/1‑111 (MQ=255) aaaCGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcacca > 2:573391/1‑150 (MQ=255) aaCGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcaccac < 1:127718/150‑1 (MQ=255) gATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGt > 2:165154/1‑150 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTgc > 2:441374/1‑115 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTgc < 1:441374/115‑1 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGacac > 2:402275/1‑132 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGacac < 1:402275/132‑1 (MQ=255) cTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCATACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg < 2:155479/150‑1 (MQ=255) ggCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGgtgt < 1:443886/150‑1 (MQ=255) ccGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTcggc < 1:338763/95‑1 (MQ=255) ccGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTcggc > 2:338763/1‑95 (MQ=255) gCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACg < 1:10568/150‑1 (MQ=255) aaCCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACgtag < 1:165154/150‑1 (MQ=255) cctTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCg < 1:176568/150‑1 (MQ=255) catgTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCaa < 2:463089/147‑1 (MQ=255) aGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTCGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCATCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGGAGTAACCCGGCAAc > 2:22853/1‑150 (MQ=255) ggTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACt > 1:33931/1‑150 (MQ=255) ggTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACt < 2:414972/150‑1 (MQ=255) ccaccaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcac > 1:179667/1‑105 (MQ=255) ccaccaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGcac < 2:179667/105‑1 (MQ=255) caccaGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACaa > 2:534923/1‑150 (MQ=255) caGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAAccc < 2:389217/150‑1 (MQ=255) tACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTACTCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTg > 1:191865/1‑150 (MQ=255) tACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTg < 1:368812/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg < 2:504133/99‑1 (MQ=255) cTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAg > 1:504133/1‑99 (MQ=255) gTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGa < 2:76104/128‑1 (MQ=255) gTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGa > 1:76104/1‑128 (MQ=255) gTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCtt > 2:48327/1‑134 (MQ=255) gTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCtt < 1:48327/134‑1 (MQ=255) gTGCCTCCGATGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCTGCGCCGCCAGCGCACAACTGTTCAGGTGTTCCCGCCACTCGTACTCCGGTAACCGGCACAGCCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAg < 1:351758/150‑1 (MQ=255) ctgctgCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGc < 1:523433/150‑1 (MQ=255) aCAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAg < 1:229843/55‑1 (MQ=255) aCAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAg > 2:229843/1‑55 (MQ=255) gcaccaaCCGCCGAATACGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAg > 2:363673/7‑150 (MQ=255) c‑ccATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTACTAATCCGGCAACTGGCACAAACCGATTCCTTGAAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAgc > 2:281662/1‑150 (MQ=255) cgccgTATTCGGCTGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTTAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGATCGCCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGtt > 2:155721/1‑150 (MQ=255) cgccgTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGcgcc > 2:385812/1‑112 (MQ=255) cgccgTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGcgcc < 1:385812/112‑1 (MQ=255) cgTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACaa < 2:466979/90‑1 (MQ=255) cgTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACaa > 1:466979/1‑90 (MQ=255) | CCGCGAAGAGGCCAGTACCAGCAGCACATCCCGTCAGCCGAAACGATACTCCGGCAACCCCGCCAACCCCTCCTTCAGGTAATCCACCAGCCGCCGTACCTTCGGCGACAGGTGCCTCTGCTGCGGATACAGCGC‑CCATACCGCCGTATTCGGCGGTTGGTGCGCCTCCAGCAGCGACACCAGCGCACCACTGTTCAGGTGTTCCAGCACGTAGTAATCCGGCAACTGGCACAACCCGATTCCTTGCAGCGCCGCATCCAGCACTGCCTGGCCACTGTTGCAGCGCCAGTT > NC_002947/1811530‑1811820 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |