| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,926,529 | T→C | 21.0% | K127E (AAG→GAG) | PP_1726 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,926,529 | 0 | T | C | 21.0% | 31.4 / 4.2 | 19 | K127E (AAG→GAG) | PP_1726 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/11); new base C (2/2); total (6/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
TGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGC > NC_002947/1926388‑1926673 | tGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTgg < 1:476658/150‑1 (MQ=255) aTGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCAcc < 2:421437/150‑1 (MQ=255) ccTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttggc < 1:498628/150‑1 (MQ=255) cTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttggct > 1:197907/1‑150 (MQ=255) gTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctg < 2:535579/150‑1 (MQ=255) tCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctgg < 2:197907/150‑1 (MQ=255) aGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctgg < 2:90375/143‑1 (MQ=255) aGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctgg > 1:90375/1‑143 (MQ=255) gTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAATGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTCGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc < 2:574370/132‑1 (MQ=255) gTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTCGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc > 1:574370/1‑132 (MQ=255) gTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTCGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc > 1:574280/1‑132 (MQ=255) gTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTCGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc < 2:574280/132‑1 (MQ=255) tctTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATc < 1:319133/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCTAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAg < 1:382002/150‑1 (MQ=255) aCCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc < 1:499237/118‑1 (MQ=255) aCCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc > 2:499237/1‑118 (MQ=255) atgatgaAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCa < 2:372073/150‑1 (MQ=255) aaaGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCg < 2:152984/121‑1 (MQ=255) aaaGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCg > 1:152984/1‑121 (MQ=255) gtccttgtccttGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGc > 2:57270/1‑150 (MQ=255) | TGCCGACGTCACCGATGGCGACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGC > NC_002947/1926388‑1926673 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |