| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,404,452 | A→G | 11.7% | S346G (AGC→GGC) | PP_2106 → | ammonium transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,404,452 | 0 | A | G | 11.7% | 84.7 / 2.9 | 34 | S346G (AGC→GGC) | PP_2106 | ammonium transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/19); new base G (2/2); total (13/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.32e-01 | |||||||||||
TGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCA > NC_002947/2404311‑2404597 | tGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGGGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTc > 1:324023/1‑150 (MQ=255) gACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAg < 2:568875/150‑1 (MQ=255) cACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGtt < 2:467179/150‑1 (MQ=255) ccgcGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTgg < 1:515059/150‑1 (MQ=255) gcgcAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGCCGTGGGCGTATAGCCGTTGCATGGCCTGTGTGGCGAGTGGGGGGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGACAGGAGGCGTAGCGGGGCATGAGCAGTGGCAGCCTGTAGAGCCGGGTGCTgggg > 2:255748/1‑149 (MQ=255) gCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATgg < 1:93320/150‑1 (MQ=255) cgacgaCGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCtggt < 2:216921/150‑1 (MQ=255) gTCCTGGGCATATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTg < 1:323577/150‑1 (MQ=255) ggTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGa < 2:383475/150‑1 (MQ=255) tgtgtgGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCa > 2:552432/1‑150 (MQ=255) gtgGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGTATTTGCCGTGTACGGAGCCATTc < 1:582334/150‑1 (MQ=255) tgGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGt > 2:30804/1‑105 (MQ=255) tgGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGt < 1:30804/105‑1 (MQ=255) ggCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGt < 1:89805/150‑1 (MQ=255) gCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTg > 1:451926/1‑150 (MQ=255) gtgtGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTgcg > 1:10949/1‑150 (MQ=255) gggTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCa < 2:10949/150‑1 (MQ=255) gTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCTAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATg < 1:7318/150‑1 (MQ=255) tCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTgc > 1:106482/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTgc > 1:575483/1‑150 (MQ=255) gtgGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGa < 2:575483/150‑1 (MQ=255) gtgtTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCAt < 2:324023/150‑1 (MQ=255) cAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTTGTTGCCTTCGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAg < 1:294128/150‑1 (MQ=255) ggCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGACGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCa < 2:516391/150‑1 (MQ=255) gCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGAcc > 2:601464/1‑150 (MQ=255) taTGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAg < 2:102849/129‑1 (MQ=255) taTGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAg > 1:102849/2‑130 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCGGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCa < 2:518938/128‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCGGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCa < 2:519017/128‑1 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCGGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCa > 1:519017/1‑128 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCGGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCa > 1:518938/1‑128 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGTCTTGGCCGGTGGATTTGcc > 2:158895/1‑78 (MQ=255) aTGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGTCTTGGCCGGTGGATTTGcc < 1:158895/78‑1 (MQ=255) tgtCAGCCTGGTCAGCCCGTTGCTGGGCAGCCTGATGTGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGAGTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCa < 2:268347/150‑1 (MQ=255) | TGGACCTTCACCGCCGCGCAAAATCGCTGGAAAATCGACGACGTCCTGGGCGTATGGCCGTTGCATGGTCTGTGTGGCGTGTGGGGTGGCATCGCCTGTGGCGTGTTCGGCCAGGTGGCGTTGGGTGGCATGGGCGGTGTCAGCCTGGTCAGCCAGTTGCTGGGCAGCCTGATGGGCGTGCTGGTGGCCTTGGCCGGTGGATTTGCCGTGTACGGAGCCATTCGTGCGCTGCATGGCCTGCGCTTGAGCCATGAGCAGGAGTTCCAGGGCGCGGACCTGTCGCTGCA > NC_002947/2404311‑2404597 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |