Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,568,736 | T→A | 18.4% | Q285H (CAA→CAT) | PP_2252 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,568,736 | 0 | T | A | 18.4% | 88.6 / 15.1 | 38 | Q285H (CAA→CAT) | PP_2252 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/14); new base A (2/5); total (19/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 |
GCTGCTCCACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTC > NC_002947/2568588‑2568885 | gctgctCCACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGCCCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAgtt < 1:382485/150‑1 (MQ=255) gctCCACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAgttgtt < 2:203162/150‑1 (MQ=255) ccGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCa > 1:552282/1‑150 (MQ=255) gCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCt > 2:74461/1‑150 (MQ=255) cgcgGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACGCGCAGTTGTTCGACCATCTGc > 1:364255/1‑150 (MQ=255) cggcgCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg < 2:499128/150‑1 (MQ=255) cggcgCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGACGGTCGAACAACTGCgg < 2:453168/150‑1 (MQ=255) gcAGTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGggtgg < 2:100895/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCGGGTGATcc < 1:439986/150‑2 (MQ=255) gCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACgg < 1:206056/150‑1 (MQ=255) gCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACgg > 2:170271/1‑150 (MQ=255) cAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTc < 1:523640/150‑1 (MQ=255) cTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGtc > 1:362144/1‑150 (MQ=255) gTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGtcat < 2:280815/150‑1 (MQ=255) cTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg > 2:62514/1‑126 (MQ=255) cTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCgg < 1:62514/126‑1 (MQ=255) tAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCa > 2:292057/1‑150 (MQ=255) tAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATc < 2:362144/150‑1 (MQ=255) cccGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAatc > 2:595232/1‑150 (MQ=255) ccccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTg < 1:492916/150‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGcc > 1:152173/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATgg < 1:260694/100‑1 (MQ=255) gCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATgg > 2:260694/1‑100 (MQ=255) ggCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGc < 1:161425/150‑1 (MQ=255) cGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg < 2:144913/77‑1 (MQ=255) cGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCgg > 1:144913/1‑77 (MQ=255) aTCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCACTGCCACCTTGCCCACTGCCGAt > 1:493888/1‑150 (MQ=255) aaCTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGcc < 1:190237/150‑1 (MQ=255) aaCTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGcc < 1:190208/150‑1 (MQ=255) gCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCAc > 2:402266/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGc > 2:36242/1‑150 (MQ=255) ttCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCggg > 1:151555/1‑55 (MQ=17) ttCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGATGGTCGAACAACTGCggg < 2:151555/55‑1 (MQ=17) ccTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGa < 2:552282/150‑1 (MQ=255) gTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATccc > 1:170462/1‑150 (MQ=255) tCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCcgc < 2:493888/150‑1 (MQ=255) cGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTgg > 1:2617/1‑150 (MQ=255) gCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTggg < 1:74461/150‑1 (MQ=255) gTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGTTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAg > 1:594945/1‑150 (MQ=255) tCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAggg > 1:190585/1‑150 (MQ=255) ttgttCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTc < 1:170271/150‑1 (MQ=255) | GCTGCTCCACCGGCCGCGGCGCACTGGCCAGCAAGCTGTCCTCAACCTGCCCCGACAGGTAATAGACCCCCGCCATGGCCCCGCTCTGGCGGTTCTCCATCAACTCCTGCCATTCCTGGTTCAACGCCACGTTCAGGATCACCCGCAGTTGTTCGACCATCTGCGGGTGGTCACGGTCATGGGTCATCACCCCGTAACCGGCTGCGGCAATCGAAATCATCGCCCCTGCCACCTTGCCCACTGCCGATGCCACGGCACTGGCGATCCCGCGTGGGGCCAGGGTGGCGCCAAGCTTTTC > NC_002947/2568588‑2568885 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |