| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,711,029 | T→G | 12.5% | intergenic (+289/+25) | PP_2373 → / ← PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,711,029 | 0 | T | G | 12.5% | 70.8 / 5.7 | 32 | intergenic (+289/+25) | PP_2373/PP_2374 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/18); new base G (2/2); total (12/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
CCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGC > NC_002947/2710882‑2711173 | cccGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCCCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGCTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCa < 1:309163/150‑1 (MQ=255) cgggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGc < 1:328244/150‑1 (MQ=255) ggccTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGATGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCg < 2:308160/150‑1 (MQ=255) 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ttCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAACGGGTCAGGTGCAggg > 1:155883/1‑150 (MQ=255) aCCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCa > 2:75555/1‑150 (MQ=255) gcTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGcc > 1:78734/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCg > 1:168979/1‑100 (MQ=255) cccGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCg < 2:168979/100‑1 (MQ=255) cTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGt < 1:55797/150‑1 (MQ=255) 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ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg < 2:124231/93‑1 (MQ=38) ttcgcgGGTGAACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAgg > 1:124231/3‑95 (MQ=38) ggCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc < 1:184471/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgc > 2:602187/1‑150 (MQ=255) gcgcGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTcgcg < 2:20258/150‑1 (MQ=255) ggggTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTgc < 2:155883/149‑1 (MQ=255) | CCCGCGAAAGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCTGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCCTGAACGAGGGTGGACACAGGTCGGGGGTTGGACACAGGCCGCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTAGCGGGTCAGGTGCAGGGCCAACTGCACCAGCCCGATCAATACCGCAATGAACACCAGGGTGAACAGCGCCCCCAGCGCAATGAAGTGGCTGGCCTTGCCGTGGGTGAAGTCGCGTGC > NC_002947/2710882‑2711173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |