| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,393,700 | C→G | 11.7% | G250G (GGG→GGC) | PP_2997 ← | protein CnmA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,393,700 | 0 | C | G | 11.7% | 92.8 / 5.9 | 35 | G250G (GGG→GGC) | PP_2997 | protein CnmA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/15); new base G (2/2); total (17/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
CTGGAACAATCCGCGAACGACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACT > NC_002947/3393553‑3393849 | cTGGAACAATCCGCGAACGACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGccc < 2:430831/150‑1 (MQ=255) tGGAACAATCCGCGAACGAACTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCACg > 1:117070/1‑150 (MQ=255) cagaagctgctggaagggggattggcgcgggccgggatcgaacggcggatcatgctcgagctcacagtggttcgcgggctggggaagataatcgggactaccgacctactgggcaccttgccgcgGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGat > 1:168156‑M1/126‑150 (MQ=255) cgcgAACGACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCcgcg > 1:177848/1‑150 (MQ=255) gACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGGCAGACACTGGCCGATATGcatg > 1:150661/1‑139 (MQ=255) gACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGGCAGACACTGGCCGATATGcatg < 2:150661/142‑4 (MQ=255) tCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCTGATTATc < 1:465621/150‑1 (MQ=255) ggtatcGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCa > 2:332230/6‑150 (MQ=255) ccAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGGGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGc < 1:417396/150‑1 (MQ=255) cAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGCCCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCt < 2:412242/150‑1 (MQ=255) cAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCt < 1:542378/150‑1 (MQ=255) gcgtttctcgggctggggaagataatcgggactaccgacctactgggcaccttgccgcgGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGata < 2:86090‑M1/26‑1 (MQ=255) gcgtttctcgggctggggaagataatcgggactaccgacctactgggcaccttgccgcgGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGata > 1:86090‑M1/60‑85 (MQ=255) aTGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTgg < 2:177848/150‑1 (MQ=255) cTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATccgccg > 2:489370/1‑150 (MQ=255) cTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATccgccg > 2:424474/1‑150 (MQ=255) tCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGt > 1:240891/1‑150 (MQ=255) ttCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCTATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCACGGCGGCCAGTAGGTCGGGAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGGTCCGCCGTTCGAt > 1:439172/1‑150 (MQ=255) ttCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTcc > 1:457072/1‑104 (MQ=255) ttCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTcc < 2:457072/104‑1 (MQ=255) cGGGCAGTCATGGACCTGTAGTCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCTCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGc < 1:338774/150‑1 (MQ=255) acctactgggcaccttgccgcgGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGatat > 2:545731‑M1/23‑49 (MQ=255) acctactgggcaccttgccgcgGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGatat < 1:545731‑M1/27‑1 (MQ=255) tCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGtt < 2:30017/133‑1 (MQ=255) tCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGtt > 1:30017/1‑133 (MQ=255) tGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAg > 1:7989/1‑73 (MQ=255) tGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAg < 2:7989/73‑1 (MQ=255) gggACCTGTAGCGCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAAt < 2:601527/149‑1 (MQ=255) ggACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATc < 2:369353/150‑1 (MQ=255) tAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTc < 1:174505/150‑1 (MQ=255) ccccccATACATCTCGGACAGGGCTCGACCGATATTCTGTGTCAAGGATCCCAGTACGTCTGTCATCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGATACGCTGGCACCTCGAGCATCATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTc < 2:117070/147‑1 (MQ=255) cATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCcagca > 1:1810/1‑150 (MQ=255) GCATATCGGGCAGACACTGGCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCgag > 2:395565‑M1/1‑82 (MQ=255) GCATATCGGGCAGACACTGGCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCgag < 1:395565‑M1/82‑1 (MQ=255) GGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGccc > 1:424474‑M1/1‑150 (MQ=255) tGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGaaa < 1:466885/150‑1 (MQ=255) cccGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACt > 1:342183/1‑150 (MQ=255) cccGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGNAGGTCGGTAGTCNCGATTANCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACt > 1:570595/1‑150 (MQ=255) | CTGGAACAATCCGCGAACGACCTCCCTCAACCATCGATTTCCATTGTCCTGATGATAGCGGGCGTGCCAATGCTGTTTGACCGTGAATCCCTCCACTTCGAACGGGCAGTCATGGACCTGTAGCCCATGCATATCGGCCAGTGTCTGCCCGATATGCCGCGGCAAGGTGCCCAGTAGGTCGGTAGTCCCGATTATCTTCCCCAGCCCGAGAAACGCTGGCAGCTCGAGCATGATCCGCCGTTCGATCCCGGCCCGCGCCAATCCCGCTTCCAGCAGCTTCTGCCCGGTGCCGAAACT > NC_002947/3393553‑3393849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |