| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 248,567 | C→G | 10.8% | L50V (CTG→GTG) | PP_0198 → | putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 248,567 | 0 | C | G | 10.8% | 104.4 / 5.7 | 37 | L50V (CTG→GTG) | PP_0198 | putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/13); new base G (2/2); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
TGGAAGTATGGTTAGGCTTTTTTGCCGCCTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGCCCTGCCGATGGACAT > NC_002947/248427‑248712 | tGGAAGTATGGTTAGGCTTTTTTGCCGCCTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGTGCCTGATCATGc < 2:564915/150‑1 (MQ=255) tATGGTTAGGCTTTTTTGCCGCCTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCg > 1:608456/1‑150 (MQ=255) tAGGCTTTTTTGCCGCCTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCcatca > 2:396402/1‑150 (MQ=255) cgccTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGGTCGCCATCATCGccgccg > 2:203238/1‑146 (MQ=255) cgccTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGccgccg < 1:203238/146‑1 (MQ=255) cgccTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCgg > 2:7210/1‑149 (MQ=255) ctgctgGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCgg < 2:321338/150‑1 (MQ=255) gctgGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTg > 2:456887/1‑150 (MQ=255) aTCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTg < 1:396402/150‑1 (MQ=255) tttCACCCGGTGCCGGGGCAGTTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCt > 2:579158/1‑150 (MQ=255) aCCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCATGCAGATGGCCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGc > 2:175842/1‑150 (MQ=255) gTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCCTGCAGATCGCCATCATCGCCGACGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGcaccgg > 1:213681/1‑145 (MQ=255) cGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGTAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGtt > 1:372591/1‑150 (MQ=255) gggCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGTAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTcc < 2:372591/150‑1 (MQ=255) 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ccTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTgg > 2:17872/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGc > 2:290273/1‑150 (MQ=255) cTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGCCCTGCCg > 2:1560/1‑150 (MQ=255) cTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCATTGGCGTGCCCTGCCGATGGAc < 1:175842/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGCCCTGCCGATGGAc < 2:186917/150‑1 (MQ=255) gggCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGCCCTGCCGATGGACAt < 1:200196/150‑1 (MQ=255) | TGGAAGTATGGTTAGGCTTTTTTGCCGCCTGCTGGGTGATCAGCCTTTCACCCGGTGCCGGGGCAATTGCCTCGATGTCCAGCGGCCTGCAATACGGCTTCTGGCGTGGTTACTGGAACGCCCTGGGCCTGCAGCTGGGCCTGATCATGCAGATCGCCATCATCGCCGCCGGCGTCGGTGCCGTCCTGGCTGCCTCGGCCACGGCGTTCCAGGTCATCAAGTGGTTTGGCGTCGGCTACCTTGTGTACCTGGCCTACAAGCAGTGGCGTGCCCTGCCGATGGACAT > NC_002947/248427‑248712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |