Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,245,021 | G→T | 24.0% | A15D (GCT→GAT) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,245,021 | 0 | G | T | 24.0% | 63.4 / 15.7 | 37 | A15D (GCT→GAT) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/14); new base T (6/3); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 |
GGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCC > NC_002947/4244881‑4245167 | ggCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGGGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGc > 1:322486/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCgg > 2:540259/1‑150 (MQ=255) cgcgcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCCCGGCAGTAGCGAAGGCCTGGTCACCCACCGACAGCAGCATGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGa < 1:444794/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGc > 2:477636/1‑150 (MQ=255) aGGCTGTCGATGGCCGCCGCGGCGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGt < 2:123190/150‑1 (MQ=255) cTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTgg < 1:477636/150‑1 (MQ=255) cGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGa < 1:400110/150‑1 (MQ=255) cTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTa < 1:393333/150‑1 (MQ=255) 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> 2:405001/1‑150 (MQ=255) gTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAAcgc < 2:322486/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAGTTTCAGTAAACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGa > 1:349797/1‑150 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg < 2:383046/146‑1 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTGCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg > 1:383046/1‑146 (MQ=255) acccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 1:162079/7‑150 (MQ=255) cAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAtt < 2:281971/150‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt > 1:495997/5‑118 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt < 2:495997/114‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:368123/5‑150 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:302970/5‑150 (MQ=255) g‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 1:613148/1‑150 (MQ=255) g‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 2:260127/1‑150 (MQ=255) | GGCCAGCGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCC > NC_002947/4244881‑4245167 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |