Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,245,036 | A→C | 21.3% | I10S (ATC→AGC) | aruH ← | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,245,036 | 0 | A | C | 21.3% | 56.9 / 15.4 | 37 | I10S (ATC→AGC) | aruH | arginine‑‑pyruvate transaminase AruH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/14); new base C (5/3); total (20/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 |
CGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTGGGTG > NC_002947/4244887‑4245182 | cgcgcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCCCGGCAGTAGCGAAGGCCTGGTCACCCACCGACAGCAGCATGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGa < 1:444794/150‑1 (MQ=255) gcAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGc > 2:477636/1‑150 (MQ=255) aGGCTGTCGATGGCCGCCGCGGCGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGt < 2:123190/150‑1 (MQ=255) cTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTgg < 1:477636/150‑1 (MQ=255) cGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGa < 1:400110/150‑1 (MQ=255) cTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTa < 1:393333/150‑1 (MQ=255) aTAGGCGCGGGAGTGGCGAAGTCCGGATCACCCACCGACAGCAGCAGTACGTCCTTGTCCGCAGCCTGCAGCGCCAGGGAGCGGTAGTGGACGTTCCCGGCCG‑GCTAGTTGTCCTGTAGGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATg < 1:108502/150‑1 (MQ=255) gggAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAAtctc < 1:225545/150‑1 (MQ=255) tgtCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACCACAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTc > 1:267654/1‑150 (MQ=255) ggTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGACCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATAGCGTACGACGCCAGC‑CAGGCCACGATGAGGCTTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCACTCTAGTCTCAACGTCAATTTc > 1:200826/1‑150 (MQ=255) cacccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGt < 2:393533/150‑1 (MQ=255) acccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTc > 1:249900/1‑150 (MQ=255) ccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTg < 1:541238/92‑1 (MQ=255) ccaccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGGGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTcga > 2:377982/1‑150 (MQ=255) caccGACAGCAGCAGGCTGCCCTTGCCCTCAGCCTGCAGAACAAGGGCGAGGCACTGGCTGTCCCCGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTAAGCTTGGCGCAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGACAATTTCAGTcgac > 2:178831/1‑150 (MQ=255) ccGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTcgacga < 1:540259/150‑1 (MQ=255) gcagGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAAt < 1:437007/129‑1 (MQ=255) gcagGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAAt > 2:437007/1‑129 (MQ=255) gcagGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCg < 2:156633/150‑1 (MQ=255) 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cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg < 2:383046/146‑1 (MQ=255) cccAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTGCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCg > 1:383046/1‑146 (MQ=255) acccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAt > 1:162079/7‑150 (MQ=255) cAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAtt < 2:281971/150‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt < 2:495997/114‑1 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGgt > 1:495997/5‑118 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:368123/5‑150 (MQ=255) ccaacG‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGAttt > 1:302970/5‑150 (MQ=255) g‑CATCGCCGGCGACGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 1:613148/1‑150 (MQ=255) g‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTcc > 2:260127/1‑150 (MQ=255) ccggcgacGGCGCTGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCg < 2:613148/143‑1 (MQ=255) ccGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATTTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCg > 1:346827/1‑150 (MQ=255) cGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTggg > 1:332445/1‑150 (MQ=255) gCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTGGGTg > 1:288421/1‑150 (MQ=255) | CGCGCAGGCTGTCGATGGCCGCCTCGACGATAGGCGCGGGAGTGTCGAAGTCCGGGTCACCCACCGACAGCAGCAGGATGTCCTTGTCCTCAGCCTGCAGCGCCAGGGCGCGGTAGTGGATGTCCCAGGCCG‑CAGCGCCGTCGCCGGCGATGCGTTGGGTGAGCTTGGCGTAGCGCATGGCAATCTCCTTTCAATGGCAATTTCAGTCGACGAGTATCTTCGGGTTGGAATTGCCCCATACGGTGTACAAATCGGCGAGCAACGCGCCGTTGATTTCTTCCATCTCGGCCTGGGTG > NC_002947/4244887‑4245182 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |