Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,770,357 | G→A | 10.5% | V2985V (GTC→GTT) | pvdD ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,770,357 | 0 | G | A | 10.5% | 99.1 / 2.2 | 38 | V2985V (GTC→GTT) | pvdD | non‑ribosomal peptide synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (14/20); new base A (2/2); total (16/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
GCGCCTCGATTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACA > NC_002947/4770209‑4770477 | gcgcCTCGATTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGa > 1:578947/1‑150 (MQ=255) cTCGATTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACaaa < 2:64522/150‑1 (MQ=255) tCGATTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACaaaa > 1:293116/1‑149 (MQ=255) gATTTCGCCGAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGACGCACCGGGTCGCCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCg < 2:392196/150‑1 (MQ=255) aTTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGt < 2:274398/150‑1 (MQ=255) aTTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCAACAAAGCGt > 1:488349/1‑150 (MQ=255) aTTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGAAAACAAAGCGt > 1:488381/1‑150 (MQ=255) ttCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTc < 1:418778/150‑1 (MQ=255) cGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTcgg < 2:270580/150‑1 (MQ=255) gCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTcggc > 2:293835/1‑150 (MQ=255) cccAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGCAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTcggcg > 2:93751/1‑150 (MQ=255) cGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGcc < 1:293835/150‑1 (MQ=255) gATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGccc > 2:544685/1‑150 (MQ=255) ccGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTc < 2:340210/150‑1 (MQ=255) gcgAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAg < 1:307633/150‑1 (MQ=255) gcgAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAg < 1:109690/150‑1 (MQ=255) gAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGt < 1:494895/150‑1 (MQ=255) aCCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAAGCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACACGACGGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCgg < 1:195593/150‑1 (MQ=255) ccTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAg > 2:76192/1‑139 (MQ=255) ccTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAg < 1:76192/139‑1 (MQ=255) gATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCa > 1:36586/1‑150 (MQ=255) aGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCACGGGCCCCGCCGGtg > 2:506147/1‑149 (MQ=255) cccGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGcc > 1:167245/1‑150 (MQ=255) tAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGt < 2:541571/112‑1 (MQ=255) tAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGt > 1:541571/1‑112 (MQ=255) aaTCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGAGGTACGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTaga < 1:506147/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTagag < 2:91457/150‑1 (MQ=255) aTCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGGAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTGCCGCCCAGGTagaa > 2:57230/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTCCCGCTGGCGGATCAGGTGACCGGGACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCTGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGcc > 2:95374/1‑150 (MQ=255) aCCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTggg < 1:93751/150‑1 (MQ=255) ggtacggtacAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCAACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAAc < 2:488349/150‑1 (MQ=255) ggtacggtacAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCAACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAAc < 2:488381/150‑1 (MQ=255) ggtacAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCa < 2:36586/150‑1 (MQ=255) gtacAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCAt > 1:40466/1‑150 (MQ=255) acAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGa < 2:578947/150‑1 (MQ=255) aGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACa < 1:544685/150‑1 (MQ=255) gTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAg > 2:470572/1‑120 (MQ=255) gTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAg < 1:470572/120‑1 (MQ=255) | GCGCCTCGATTTCGCCCAGTTCGATGCGGAAACCGCGAACCTTGACCTGATTGTCCAGGCGCCCGAGGTAATCGAAGGTGCCGTCCTCCCGCTGGCGCACCAGGTCACCGGTACGGTACAGGCGCCCACCCGGGTTGCCTGGGTCGGCGACAAAGCGTTCGGCGGTAAGCCCCGGGCGGTTCAGGTAGCCGCGGGCCACGCCGGTACCGCCCAGGTAGAGTTCTCCCGCCACACCGGGCGGCAGTGGGTTCAGGTCAACGTCCATGACA > NC_002947/4770209‑4770477 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |