Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,195,947 | C→G | 9.5% | D206H (GAC→CAC) | ybgJ ← | allophanate hydrolase subunit 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,195,947 | 0 | C | G | 9.5% | 126.2 / 4.6 | 42 | D206H (GAC→CAC) | ybgJ | allophanate hydrolase subunit 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/19); new base G (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
CGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCT > NC_002947/5195806‑5196096 | cgcACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTGGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGtt < 1:460175/150‑1 (MQ=255) gcACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTg > 1:260223/1‑150 (MQ=255) gCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAag > 2:184979/1‑150 (MQ=255) cAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAagag > 1:241568/1‑150 (MQ=255) aTCCTATAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCctca < 2:349906/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCctcacgctcac < 1:184979/150‑1 (MQ=255) aCGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGaacaa < 2:494443/150‑1 (MQ=255) cGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGaacaac < 2:202086/150‑1 (MQ=255) tGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCgg > 1:387911/1‑150 (MQ=255) cTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTg > 2:549823/1‑150 (MQ=255) tcaACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGAt > 1:184229/1‑150 (MQ=255) caACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATc < 2:148101/150‑1 (MQ=255) aaCTGCTTCATCCCTGCGCCCCCACATCACCCCCCATGGGCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGCGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCa < 1:238511/150‑1 (MQ=255) ttCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTcc > 2:273042/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCAcc > 1:365685/1‑150 (MQ=255) gcCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGc > 2:253395/1‑150 (MQ=255) acaTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTGACCGGGtgc > 2:536780/1‑66 (MQ=255) acaTCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTGACCGGGtgc < 1:536780/68‑3 (MQ=255) aTCACCCCCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGc < 2:504346/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgg > 2:117030/1‑139 (MQ=255) ccAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCgg < 1:117030/139‑1 (MQ=255) aGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGGCGTc > 2:359324/1‑150 (MQ=255) aGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTc < 1:549823/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGgcg > 2:120211/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACgg < 2:243982/70‑1 (MQ=255) gCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACgg > 1:243982/1‑70 (MQ=255) tGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCggg < 2:430283/86‑1 (MQ=255) tGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCggg > 1:430283/1‑86 (MQ=255) gcgcGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCTCCGTCTGGCGCTCGGc > 2:547177/1‑150 (MQ=255) gcgAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGTACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCaa < 2:262583/150‑1 (MQ=255) cGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCGGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCAc > 1:458195/1‑150 (MQ=255) aCGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTg > 1:472535/1‑150 (MQ=255) aaGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACTCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGccc > 2:447146/1‑150 (MQ=255) ttgcaaCCCGGTGACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAgg < 2:434933/109‑1 (MQ=255) ttgcaaCCCGGTGACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAgg > 1:434933/6‑114 (MQ=255) gcACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCccgccg < 2:365685/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCAcgc < 2:387911/150‑1 (MQ=255) cACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCt > 2:412879/1‑150 (MQ=255) | CGCACGCCAAAGCGCCCGGCATCCTGTAACTGGCACAACGGCGTACTGGCCTCGATCATCAACTGCTTCATCCCTGCGCCTCCACATCACCACCCATGGCCAGGAATTCGCTGCGCGAAACCGGCACGAAGCGCACCCGGTCACCGGGTTGCAAGAGGCTGTAACCCTCACGCTCACGGTCGAACAACCGCACCGGGGTGCGCCCGATCAGGTTCCAGCCACCCGGCGATACTGCCGGGTAGGCCGCCGTCTGGCGCTCGGCAATACCCACGCTGCCCGCCGCCACGCGCT > NC_002947/5195806‑5196096 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |