| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 11,657 | G→C | 12.1% | P185P (CCG→CCC) ‡ | dnaN → | DNA polymerase III subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 11,657 | 0 | G | C | 12.1% | 93.1 / 3.4 | 33 | P185P (CCG→CCC) ‡ | dnaN | DNA polymerase III subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/12); new base C (2/2); total (19/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GCCGCCTGATCGAGCGAACCAGCTTCGCCATGGCCCAGCAGGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCCGCGCCACTACTGGTGAGTTCACCTTT > NC_002947/11509‑11801 | gccgccTGATCGAGCGAACCAGCTTCGCCATGGCCCAGCAGGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGa < 1:106384/150‑1 (MQ=255) ccTGATCGAGCGAACCAGCTTCGCCATGGCCCAGCAGGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGa > 1:510858/1‑150 (MQ=255) cGAACCAGCTTCGCCATGGCCCAGCAGGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGAt < 2:139084/150‑1 (MQ=255) cagcagGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCcg > 1:597708/1‑150 (MQ=255) gcagGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGAt > 2:300718/1‑127 (MQ=255) gcagGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGAt < 1:300718/127‑1 (MQ=255) cgcTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATc > 1:323547/1‑150 (MQ=255) tCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGTGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTgg > 2:200596/1‑150 (MQ=255) tCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTgg > 2:546168/1‑150 (MQ=255) tCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGCTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTgg > 2:28431/1‑150 (MQ=255) cAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGgc < 2:597708/150‑1 (MQ=255) aCGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGgcgc < 1:22819/150‑1 (MQ=255) gctgctTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCctgct < 2:510858/150‑1 (MQ=255) ttGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTg > 2:538052/1‑128 (MQ=255) 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aaCACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATg > 2:533968/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTAATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAg > 1:581775/1‑150 (MQ=255) aCCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGAc < 2:211220/113‑1 (MQ=255) aCCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGAc > 1:211220/1‑113 (MQ=255) ccGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCcg > 2:405839/1‑150 (MQ=255) cGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCcgc > 2:214156/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTAATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCCgcgc < 2:581775/150‑1 (MQ=255) tttGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCCGCGCCACTACTg > 2:43215/1‑150 (MQ=255) tGCTCGATCGGCGCGTTCATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATca < 1:98568/131‑1 (MQ=255) tGCTCGATCGGCGCGCTCATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTgg < 1:156943/121‑1 (MQ=255) tGCTCGATCGGCGCGCTCATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTgg > 2:156943/1‑121 (MQ=255) tGCTCGATCGGCGCGCTCATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATca > 2:98568/1‑131 (MQ=255) gcgcCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAACAGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCCGCGCCACTACTGGTGAGTTCACCttt > 2:86443/1‑150 (MQ=255) | GCCGCCTGATCGAGCGAACCAGCTTCGCCATGGCCCAGCAGGATGTGCGCTATTACCTCAACGGCATGCTGCTTGAGGTTTCCCGCAACACGTTGCGCGCTGTATCCACCGACGGTCACCGCCTGGCGCTTTGCTCGATGAGCGCGCCGATCGAGCAGGAGGATCGACACCAGGTCATCGTGCCGCGTAAAGGTATCCTGGAGTTGGCGCGCCTGCTGACCGATCCTGAAGGTATGGTCAGCATCGTGCTGGGCCAGCATCACATCCGCGCCACTACTGGTGAGTTCACCTTT > NC_002947/11509‑11801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |