Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,334,378 | G→T | 9.7% | V254F (GTC→TTC) | PP_4695 → | two‑component system sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,334,378 | 0 | G | T | 9.7% | 120.9 / 2.8 | 41 | V254F (GTC→TTC) | PP_4695 | two‑component system sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/13); new base T (2/2); total (26/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
CTTGTATGGCGTATTCGGTGGCCCGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTGCGCCTGGGCGCCA > NC_002947/5334239‑5334525 | cTTGTATGGCGTATTCGGTGGCCCGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCTTCATGCCGca > 2:367206/1‑150 (MQ=255) cTTGTATGGCGTATTCGGTGGCCCGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCTTCATGCCGca > 2:367105/1‑150 (MQ=255) aTTCGGTGGCCCGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACAt > 1:13213/1‑150 (MQ=255) gTGGCCCGCACGAGCTCGAAGTCCGCCTGCTCCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCt < 2:604381/150‑1 (MQ=255) ccGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTAcc > 1:2165/1‑150 (MQ=255) cACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCgag < 1:102072/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCATAGGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCt < 1:173734/150‑1 (MQ=255) tGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCg > 2:494063/1‑108 (MQ=255) tGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCg < 1:494063/108‑1 (MQ=255) gctgctGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGcgctc > 1:18499/1‑150 (MQ=255) gcAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGt > 1:156464/1‑150 (MQ=255) ccAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAgcgc > 1:64200/1‑150 (MQ=255) cAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGcc > 1:31683/1‑150 (MQ=255) cGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGaa > 1:20504/1‑117 (MQ=255) cGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGaa < 2:20504/117‑1 (MQ=255) cGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTg > 2:560076/1‑150 (MQ=255) cccTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCTTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTggg < 1:367206/150‑1 (MQ=255) cccTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCTTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTggg < 1:367105/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGcc > 2:268421/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGcc > 1:18988/1‑150 (MQ=255) gccCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCg > 1:3752/1‑150 (MQ=255) cTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTg > 1:254613/1‑150 (MQ=255) cccACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCctgct > 1:81520/1‑150 (MQ=255) cccACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCctgct > 1:73454/1‑150 (MQ=255) gCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCtgat < 2:18988/150‑1 (MQ=255) gAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGc > 1:589688/1‑150 (MQ=255) aGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCGCGCTGGTCCGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGCTGAGCCt > 2:148843/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCgaga > 1:563408/1‑79 (MQ=255) ccATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCgaga < 2:563408/79‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTg < 2:18499/150‑1 (MQ=255) aCCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTg < 1:268421/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGt > 1:306345/1‑150 (MQ=255) ctgGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTgg < 1:413134/150‑1 (MQ=255) gtTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCtga < 1:508963/116‑1 (MQ=255) gtTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCtga > 2:508963/1‑116 (MQ=255) tcGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTgc > 1:101135/1‑150 (MQ=255) tCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTGCGCCTg > 1:305054/1‑150 (MQ=255) ccATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCCGCGCCGGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTCCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTGCGCCTGGgcg > 2:41728/1‑150 (MQ=255) aTCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTAcc < 1:50587/36‑1 (MQ=255) aTCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTAcc > 2:50587/1‑36 (MQ=255) tCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTGCGCCTGGGCGCCa < 1:270727/150‑1 (MQ=255) | CTTGTATGGCGTATTCGGTGGCCCGCACGAGCTGGAAGTCTGGCTGCTGCAGAACCAGACCGCCCTCGCCGCCCTGCACACCCCACTGCAGGAAGGCCCATGGCGCACCCTGCTGCTGGTGTTCTTCGCCTCGGCCATCGTCATGCCGCACATGTACCACATGGCCTTTACCGAGAACCTCAACCCGCGCTCGCTGGTCAGCGCCAGCTGGGGCCTGCCGCTGTTCCTGCTGCTGATGAGCCTTGCCGTGCCGCTGGTGCTGTGGGCCGGCCTGCGCCTGGGCGCCA > NC_002947/5334239‑5334525 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |