| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,538,335 | G→T | 12.9% | W122L (TGG→TTG) | PP_4871 → | lysine decarboxylase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,538,335 | 0 | G | T | 12.9% | 77.8 / 3.6 | 31 | W122L (TGG→TTG) | PP_4871 | lysine decarboxylase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/14); new base T (2/2); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.58e-01 | |||||||||||
CGCTGAAGTCGGCCACAAGGGCCTGACCCGCCTGGAAGTGGTGGATGGCATGCATGCGCGCAAGGCCCGCATGGCCGAGCTGAGCGATGCATTCATTGCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCA > NC_002947/5538186‑5538479 | cGCTGAAGTCGGCCACAAGGGCCTGACCCGCCTGGAAGTGGTGGATGGCATGCATGCGCGCAAGGCCCGCATGGCCGAGCTGAGCGATGCATTCATTGCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTg < 2:26234/150‑1 (MQ=255) ccgcaAGGGCCTGACCCGCCTGGAAGTGGTGGATGGCATGCATGCGCGCAAGGCCCGCATGGCCGAGCTGAGCGATGCCTTCATTGCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTggg < 2:591176/147‑1 (MQ=255) ccACAAGGGCCTGACCCGCCTGGAAGTGGGGGATGGCAGGGATGCGCGCAAGGCCCGCATGGCCGAGCTGAGCGATGCATTCATTGCCTTGCCGGGTGGACTCGGTACGCTGGACGAAGGGGGCGAAGTGGTGACCTGGGGGCAGCTggg > 2:375614/1‑150 (MQ=255) 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ttgccGGGTGGGCTGGTTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGt < 1:524340/150‑1 (MQ=255) ggCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGATATCCCGAACCGCCGCTCGCGATCCGGGATGT‑GAACGGTTCCTACGACAAGCTGTGCTGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGcc < 2:378187/150‑1 (MQ=255) gaggaACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCg > 1:497002/1‑150 (MQ=255) tGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGACAGTTTCGTGCGCACGCCACACCGGGCGATGTtgt > 2:139147/1‑149 (MQ=255) tgtgGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGgc > 2:391053/1‑150 (MQ=255) tgGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGgcag < 1:35160/150‑1 (MQ=255) gACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGgcagca > 1:206857/1‑150 (MQ=255) | CGCTGAAGTCGGCCACAAGGGCCTGACCCGCCTGGAAGTGGTGGATGGCATGCATGCGCGCAAGGCCCGCATGGCCGAGCTGAGCGATGCATTCATTGCCTTGCCGGGTGGGCTGGGTACGCTGGAGGAACTGTTCGAAGTGTGGACCTGGGGGCAGCTGGGCTATCACGCCAAGCCGCTCGGGCTACTGGATGT‑GAACGGTTTCTACGACAAGCTGGGCGGGTTCCTCGACCATATCGTCGAAGAAGGTTTCGTGCGCCCGCAACACCGGGCGATGTTGCTGCTGGGGCAGCA > NC_002947/5538186‑5538479 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |