| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 432,022 | C→T | 13.1% | E99K (GAG→AAG) | PP_0354 ← | CBS domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 432,022 | 0 | C | T | 13.1% | 88.2 / 5.2 | 38 | E99K (GAG→AAG) | PP_0354 | CBS domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/16); new base T (2/3); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
AAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGAAG > NC_002947/431883‑432167 | aaaTCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTg > 2:402129/1‑150 (MQ=255) cGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCATTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTgg < 1:117032/142‑1 (MQ=255) cGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCATTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTgg > 2:117032/1‑142 (MQ=255) aaaCACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCCCTCCCCGCTGGTGATCTCGaa < 2:214752/150‑1 (MQ=255) aCATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGa < 1:300905/150‑1 (MQ=255) aTCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCATGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGCTTCGaca > 1:155882/1‑150 (MQ=255) ggATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCa > 1:97487/1‑150 (MQ=255) aaTGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGc < 1:555760/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGgcg > 2:212170/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGGAGTGCTTCCCGCTggca > 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AAATCCCGAAACACATCAGACATCGAGAACACGCGGATGAATGCGGCCTTGTTCAGTTGCAGGCAGAAGGTGTCTTCCCCGGCCAGGTGCTCGGTGCGGGTTGCCCGCTCACCCAGCAGGGCTGCCAGCGGGAAGCACTCCCCGCTGGTGATCTCGAACGTGGTTTCGACACCCGGTTTGGCCAGGTGCTGGCGCTCGCCAACCACGCGGCCCTGCTTGACGATGTAGAAGTGCTCGACCGGCCCGTCGGCAGGTTTGACGATGCTTTCACCGCAGGCGTAGAAG > NC_002947/431883‑432167 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |