| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 583,801 | T→C | 12.2% | L555P (CTG→CCG) | selB → | selenocysteyl‑tRNA‑specific translation elongation factor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 583,801 | 0 | T | C | 12.2% | 98.8 / 6.1 | 41 | L555P (CTG→CCG) | selB | selenocysteyl‑tRNA‑specific translation elongation factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/21); new base C (2/3); total (17/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
TTGAGCGAAGCCGACAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGTTGGGCATCGGTCGCAAGC > NC_002947/583653‑583947 | ttGAGCGAAGCCGGCAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTg < 1:182370/150‑1 (MQ=255) cGAAGCCGACAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCt < 2:244812/150‑1 (MQ=255) gAAGCCGACAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGGCCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCAGCCGGGccaa < 1:6668/150‑3 (MQ=255) aaGCCGACAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTgg < 1:418255/150‑1 (MQ=255) tGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAggt > 1:399293/1‑150 (MQ=255) gCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTa < 2:24989/150‑1 (MQ=255) gCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTa > 1:424365/1‑150 (MQ=255) aGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTAcc < 1:105965/150‑1 (MQ=255) gCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCAGCCGGGccaa < 2:606268/118‑3 (MQ=255) gCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCAGCCGGGccaa > 1:606268/1‑116 (MQ=255) ccGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTAcccc > 1:220356/1‑150 (MQ=255) cAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAAAAACGTGAACAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGc > 2:304979/1‑150 (MQ=255) aTTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCAt < 2:399293/150‑1 (MQ=255) ttGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATgg < 2:587626/150‑1 (MQ=255) ccacccTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAg < 2:148940/126‑1 (MQ=255) ccacccTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAg > 1:148940/1‑126 (MQ=255) ccacccTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCAGCCGGGccaa > 1:226338/1‑88 (MQ=255) ccacccTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCAGCCGGGccaa < 2:226338/90‑3 (MQ=255) cTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTc < 1:181044/112‑1 (MQ=255) cTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTc > 2:181044/1‑112 (MQ=255) cAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCATACTGGAGTTCAGACGTGTGCTTTTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTggg < 1:380704/150‑1 (MQ=255) 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gcCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAg < 1:363185/134‑1 (MQ=255) gcCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAg > 2:363185/1‑134 (MQ=255) tGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGtt < 2:215224/148‑1 (MQ=255) tGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGtt > 1:215224/1‑148 (MQ=255) gcAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAgcg < 2:294102/73‑1 (MQ=255) gcAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAgcg > 1:294102/1‑73 (MQ=255) ggCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGTTGGGCATCGGTCGCAAgc < 2:421138/150‑1 (MQ=255) ggCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGTTGGGCATCGGTCGCAAgc < 2:424365/150‑1 (MQ=255) | TTGAGCGAAGCCGACAGTGCATTGTGGGCACGTCTGCAGCCGAAGTTGATCGCAGGGCAATTTGACCCACCCTGGGTCAGGACGCTGGCGAGTGAGGAGAACTGTGCCGAAGCCGATGTGCGCCTGTTACTGCGCAAGTTGGCCCGGCTGGGCCTGGTGCATCAGGTGGTGCGCGACTTGTTCTACCCCGAGGCGACGCTGCAGCGCATGGCAGCGTTGATGCTGGGGCAGGCCAGCGAAACGCAGATAGTGCAGGTTGCCGCGTTTCGCGATATGTTGGGCATCGGTCGCAAGC > NC_002947/583653‑583947 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |