Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,088,541 | A→T | 12.9% | intergenic (+32/‑222) | pmbA → / → PP_0943 | regulatory protease/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,088,541 | 0 | A | T | 12.9% | 80.9 / 5.3 | 31 | intergenic (+32/‑222) | pmbA/PP_0943 | regulatory protease/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/13); new base T (2/2); total (16/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 |
TGAAGGACATGTTCCAGCAGATTGTCGCGATCGGTAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCGGCCCTCGCGCCGGGTTTT > NC_002947/1088400‑1088679 | tGAAGGACATGTTCCAGCAGATTGTCGCGATCGGTAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATCCGATCTTGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:38893/150‑1 (MQ=255) tCGGTAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTg < 1:362414/150‑1 (MQ=255) tAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCCGcgaaag > 2:542053/1‑114 (MQ=39) tAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCCGcgaaag < 1:542053/119‑6 (MQ=39) ttGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGt > 1:29530/1‑150 (MQ=255) aaaCCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGt > 1:422049/1‑150 (MQ=255) gTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGc < 1:547350/150‑1 (MQ=255) cAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGt < 2:164374/150‑1 (MQ=255) atatTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCCGcgaaa > 2:375346/1‑91 (MQ=38) atatTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTTTACCCGcgaaa < 1:375346/95‑5 (MQ=38) ggCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGCGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAagt < 2:1138/150‑2 (MQ=255) cTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTc > 1:211701/1‑137 (MQ=255) cTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTc < 2:211701/137‑1 (MQ=255) tgtTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGa > 1:143381/1‑150 (MQ=255) gATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGgtggtg > 1:159964/1‑84 (MQ=255) gATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGgtggtg < 2:159964/84‑1 (MQ=255) gATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTa > 1:452576/1‑117 (MQ=255) gATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTa < 2:452576/117‑1 (MQ=255) aGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc < 2:313981/129‑1 (MQ=255) aGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCcgc > 1:313981/1‑129 (MQ=255) ggATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTacac < 2:422049/150‑1 (MQ=255) gATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACAcc > 2:533953/1‑150 (MQ=255) 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tGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCGGcgcgag > 1:412538/1‑145 (MQ=255) tttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCg < 1:524899/132‑1 (MQ=255) tttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCg > 2:524899/1‑132 (MQ=255) tttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCGGCCCTCGCGCCGGGtttt < 2:143381/150‑1 (MQ=255) | TGAAGGACATGTTCCAGCAGATTGTCGCGATCGGTAGCGATCTTGAAACCCGTAGCAATATTCATACGGGCTCGGTGTTGATCGAGCGGATGACCGTTGCTGGTAGCTGATCTTTAGCCTGCGCCGGCCCTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGGTGGTGGACGTACATCGGGGTTGGACACAGGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGAACAGCACTACACCTTTCCCTGCAAATCCGAAGACCCGGCCCTCGCGCCGGGTTTT > NC_002947/1088400‑1088679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |