| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 5,610,742 | +A | coding (106/333 nt) | emrE → | small multidrug resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,610,741 | 1 | . | A | 98.7% | 816.2 / 1.8 | 231 | coding (105/333 nt) | emrE | small multidrug resistance protein |
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
AGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTG‑ATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTG > NC_002947/5610594‑5610885 | aGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCCATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTG‑aa > 2:3597029/1‑149 (MQ=255) aaCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTG‑aatggt > 2:4933317/1‑145 (MQ=255) aaCGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTG‑aatggt > 1:773554/1‑145 (MQ=255) 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cGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCAt > 1:800090/1‑150 (MQ=255) gCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGACAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCAtt < 2:1033726/150‑1 (MQ=255) gCTCAGTAACGAAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCAtt < 1:2950016/150‑1 (MQ=255) tCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGc > 1:1901032/1‑150 (MQ=255) aGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGt < 2:3342769/150‑1 (MQ=255) 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gAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTgg < 1:4966311/150‑1 (MQ=255) gCACGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTg < 2:3982522/150‑1 (MQ=255) aCGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCgca > 1:676639/1‑74 (MQ=255) aCGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCgca < 2:676639/74‑1 (MQ=255) aCGCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGAt > 1:3732295/1‑150 (MQ=255) gCCGTTGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCt > 1:4360897/1‑150 (MQ=255) ttGCCACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATgg < 1:1313715/150‑1 (MQ=255) ccACTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCa > 1:3364278/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGCTGAATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGa > 1:141671/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGCTGAAAGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGACAACTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGa > 2:1922631/1‑150 (MQ=255) tgctgctgaATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATg < 1:1658832/142‑1 (MQ=255) ctgctgaATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCt < 1:2806880/150‑1 (MQ=255) tgctgaATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTg < 2:4828000/150‑1 (MQ=255) tgctgaATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTg > 1:1595699/1‑150 (MQ=255) | AGGCAACGTCTAGAATGCCCGCTCAGTAACGGAGGATCCTGCCATGAATGCCTATACCTACCTCGCCATTGCCATCTGCGCCGAAGTCATCGCCACCGCCTCGATGAAGGCGGTGAAAGGCCTGAGCACGCCGTTGCCACTGCTGCTG‑ATGGTGGTTGGCTATGGCATTGCGTTCTGGATGCTGACGCTGGTGGTCCGCAGCATTCCGGTGGGGATTGCCTACGCCATCTGGTCGGGGCTGGGGATTGTGCTGATCAGTGTGGCGGCGCTGGTGATCTATGGGCAGAAGCTG > NC_002947/5610594‑5610885 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |