| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,544,531 | 0 | C | A | 38.7% | 184.7 / 224.6 | 199 | intergenic (+48/+66) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/77); new base A (41/36); total (86/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.86e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAG > NC_002947/1544383‑1544677 | tgcATTTTGCCCGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 2:4758387/150‑1 (MQ=255) gctttttGCCGTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:2849444/147‑1 (MQ=255) gcttttgGCCGTGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTGGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:5156688/147‑1 (MQ=39) ttttGCACTGGCGGCGGGGCTTGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGTGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGACGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGgc > 2:721547/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggcc > 1:2236886/1‑147 (MQ=255) gcggcgGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTGTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGgccgcgccgcct > 2:3915543/1‑148 (MQ=255) gggggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:4348696/146‑1 (MQ=255) gggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:3661717/149‑1 (MQ=255) cgggggGGGTGGCGGGGGCGTTGGGGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggccctgt < 2:2932314/150‑8 (MQ=37) cggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 1:3508141/150‑1 (MQ=255) gggggggTGGGGGGGGGGTTGGGGGTGGGGCCGATTTGGTTTTTGGTTGGTGGGCGGCCTGGGGATGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGTCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTTCACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 1:1312957/148‑1 (MQ=255) gggggggTGGGGGGGGGGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGt < 2:4901400/148‑1 (MQ=255) ggggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 1:4849923/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGGGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:3555752/149‑1 (MQ=21) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:2355113/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:1329571/149‑1 (MQ=37) ggggggTGGCGGGGGCGTGGGCGCGGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa < 2:4992480/149‑1 (MQ=25) gggggTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 2:4005937/150‑1 (MQ=21) gggggTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg < 2:1621639/150‑1 (MQ=37) ggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGa < 1:4032033/150‑1 (MQ=255) gggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAg < 1:3686694/144‑1 (MQ=255) gTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCGGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:3452512/150‑1 (MQ=255) gTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 1:1124249/150‑1 (MQ=255) gTGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGGGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 2:2139097/150‑1 (MQ=255) gTGGCGGGGGCTTTGGCGCTGTGGCCGTTGTGGTGTTTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGc < 2:1963143/150‑1 (MQ=18) gTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGc < 2:3243764/150‑1 (MQ=255) ggggggggCGTGGGCGCGGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:5053079/147‑1 (MQ=38) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:907350/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 2:3127271/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑gg < 1:1367334/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCGTGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑gg < 2:3020577/150‑1 (MQ=25) gggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑ggg < 2:1230028/148‑1 (MQ=255) gcgggggcggggGCGCGGGGGCCGCGGGGGTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑ggg < 1:455628/150‑1 (MQ=21) gCGGGGGCGTTGGCGCTGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑ggg < 1:360511/150‑1 (MQ=255) gCGGGGGCGTGGGGGCTGTGGCGGCTGTGGTTTGTGGGGGGGGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑ggg < 2:2236886/150‑1 (MQ=21) gtgggCGCGGTGGCCGCGGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCcg < 1:3020208/147‑1 (MQ=255) ttGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCAACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCcgc > 2:5290100/1‑150 (MQ=255) cTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCACTTCGCGGGTAAAACCCCAACAAAAAAGGGCCCCGCCCCGTTTTAGGAGC‑GGGTTTAACcgcgcacag > 2:4462205/1‑145 (MQ=255) gCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAg > 1:2770667/1‑123 (MQ=25) gCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa > 1:2434812/1‑125 (MQ=25) gCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCAGCTCCTCCAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 2:2434812/125‑1 (MQ=25) cggggtgGTTTGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGGACGGGGCTGTCGCTCGATAATCGGTTTTGCGGGGGCCGGCCTCTGCGGGGGTAAACCCGCTCCTCCCCTGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGCGG‑GGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGca < 2:2001062/146‑1 (MQ=255) ggggggTTTGTGGGGGGGGGGCGGCGTGGGGACGGGGGTGTCGCTCGATAATCGGTTTGGCCGGGGCCGGCCTCTTCGGGGGTACACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGAGG‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGcaca < 2:1196684/146‑1 (MQ=25) tgtgGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTAc < 1:2994541/130‑1 (MQ=255) tgtgGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTAc > 2:2994541/1‑130 (MQ=255) ttGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTAGCGGGTAAAACCCCGCCAAAACACGGCCGCCCCCCGTTGTTGGGGCGGGGTTTGCCCCCG‑AGAGGGCCCCACAGGcccga > 2:652113/1‑146 (MQ=255) tggtggGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa > 1:230254/1‑111 (MQ=21) tggtggGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGa < 2:230367/111‑1 (MQ=21) ggtgggggGGCGGCGTGGGTATGGGGCTGTAGCTCTATAATCGGTTTTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGTTAAACCCGCTCCTACACTGGGCCGCGCGGGTTTTTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACaaa < 1:4312165/150‑1 (MQ=25) gtgggtggGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTa > 2:2758360/1‑106 (MQ=21) gtggggggGGGGCGGGGGGACGGGGGTGTAGCTCGATAATCGGTTTTGCGGGGGCCGGCCTCTTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGGCCGGGCCGCTTGGTTGGAGG‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAg < 2:1583253/150‑1 (MQ=25) ggtgggCGGCCTGGGGCCGGGGCTGGAGCTCGATAATCGGTAGCGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCtt < 2:4772140/150‑1 (MQ=37) ggggCGGCCTGGGGATGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCa < 2:2294767/149‑1 (MQ=255) gggCGGCGTGGGGACGGGGCTGTAGGTCGATAATCGGTATGGCGGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCGGCTCCCACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTCGGCGG‑GGTTTTCCCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAg < 1:3915543/150‑1 (MQ=37) cTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCCCGCCGACACACGGGCCCGCCCCGTTGGTGGCGC‑GGGGGTTCCCCCGCAGAGGCCACCACACGCCCAAACAACCTTAAGGGCCGcg > 2:1946798/1‑149 (MQ=255) gccggccTCTTCGCGGGAACCCCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCcccgccc < 1:3514258/150‑1 (MQ=255) cggccTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCGTTGGAGGAGC‑GGGTGTACCCGCGCAGAGGCCCGCACCGGCAATACAAAGCTTCCGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGGCCGCCCCCGGCGTCCCCCGCCCgg > 2:3450757/1‑150 (MQ=37) ctctTCGCGTGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGATTTTTAGGAGC‑GTGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTc < 2:2670871/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTATGAGC‑GGGTTTAACCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTg > 2:2476832/1‑150 (MQ=255) cgcgGGTAACCCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGAt < 2:310754/150‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGc < 2:3206867/150‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGcc > 1:3297347/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACAAAGCGGCGCAGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGc > 2:5063059/1‑150 (MQ=25) cccggccccTACACTGGGCCGCGCCGTTTTTGTGGCGG‑GTTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa < 1:1053384/143‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCa > 1:1212550/1‑150 (MQ=25) cccGCTCCTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg < 1:5234052/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAg > 2:4202867/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGa > 1:738759/1‑99 (MQ=17) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:2658992/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:3358081/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:238877/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:2659221/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACCAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:241063/1‑150 (MQ=21) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGa > 2:4594324/1‑138 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGAt < 1:2719596/139‑1 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCCCTGCAgg > 1:2308117/1‑150 (MQ=25) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 2:80081/1‑150 (MQ=37) ccGCTCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg > 1:1902425/1‑150 (MQ=37) ccGATCCTACACAGGGCCGCGCGGCTTTGTAGGAGC‑GGTTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAgg < 1:4233200/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGc > 1:4547396/1‑150 (MQ=255) cTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGCGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCg < 1:5254372/150‑1 (MQ=255) cTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCg > 2:1228688/1‑150 (MQ=255) tCCTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCga > 2:4232753/1‑150 (MQ=37) cTACACCGGGCCGCGCCGCTTTGTCGCCGC‑GGGTTCACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc < 1:180787/150‑1 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:2562621/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCCCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc < 2:3331272/150‑1 (MQ=255) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:5186698/1‑150 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:508251/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:2680031/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1564568/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:2487334/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:323818/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:4021735/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1430405/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3796146/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca < 1:4712742/150‑1 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:5189037/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:56092/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:1101426/1‑150 (MQ=37) acacAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag < 2:4676661/150‑1 (MQ=255) | TGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAG > NC_002947/1544383‑1544677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |