| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 743469 | 34 (1.460) | 6 (0.300) +AGGCAGGTCTGATTTCGC |
8/218 | NT | 21.5% | intergenic (+145/+129) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| ? | NC_002947 | = 1431465 | 17 (0.730) | intergenic (+74/+78) | PP_1252/PP_1253 | group II intron‑encoding maturase/ArsR family transcriptional regulator | |||||
CCAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAT > NC_002947/1431317‑1431613 | ccAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGcc > 1:185616/1‑150 (MQ=11)ccAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCg > 2:339971‑M2/1‑149 (MQ=255) aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcg < 1:150190‑M2/150‑4 (MQ=255) aaaGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCaa > 2:397010/1‑150 (MQ=32) aGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGc > 2:212017/1‑150 (MQ=33) gAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGcc > 1:231164/1‑150 (MQ=34) aCTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAg > 2:461857/1‑150 (MQ=37) tgtgGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcaga < 1:517827‑M2/150‑12 (MQ=255) tCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCCGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGATTACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgt > 1:75339‑M2/1‑127 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCa > 1:12880/1‑148 (MQ=255) tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCa < 2:12880/148‑1 (MQ=255) cTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGt < 1:589009/150‑1 (MQ=255) aTACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGa > 1:403114/1‑150 (MQ=255) cGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgtccgctatgtaacgcaaccgaag > 2:517827‑M2/1‑103 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCgg < 2:453123/150‑1 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgcccgctatgtaacgcaaccgaaggttgcttcacatagcggg > 2:150190‑M2/1‑85 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCGCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGcac > 1:160913/1‑150 (MQ=255) gAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAg < 1:212017/150‑1 (MQ=255) aCCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGt < 2:403114/150‑1 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgtccgctatgtaacgcaaccgaaggttgcttcacatagcgggc < 2:567913‑M2/128‑67 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgtccgctatgtaacgcaaccgaaggttgcttcacatagcgggc > 1:567913‑M2/1‑62 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGACATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGgc > 1:121061/1‑150 (MQ=255) aaCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGgcgc > 2:362085/1‑150 (MQ=255) gagaGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGccc > 1:161552/1‑150 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCggg < 2:185616/150‑1 (MQ=255) aaTCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgcccgctatgtaacgcaaccgaaggttgcttc > 2:316985‑M2/1‑22 (MQ=255) aaTCCGCCTCCTACTCGATTGCgcgaaatcagacctgccttgtgtgcccgctatgtaacgcaaccgaaggttgcttc < 1:316985‑M2/77‑56 (MQ=255) aaTCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAg > 1:553726/1‑150 (MQ=255) cctcctACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCAtctc < 1:362085/150‑1 (MQ=255) tACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTAc > 2:388406/1‑150 (MQ=255) gagtGCCACGCCCAGCCCCACCCTCAGGCGTATCTCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGAGGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGc < 2:161552/147‑1 (MQ=39) gCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAt < 2:553726/150‑1 (MQ=255) | CCAAAGAAACTGTGGGACCGGCTCGGGCTGGTCTCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAT > NC_002947/1431317‑1431613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |