| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,584,833 | C→G | 14.3% | Q235H (CAG→CAC) | folD‑II ← | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,584,833 | 0 | C | G | 14.3% | 68.8 / 6.4 | 28 | Q235H (CAG→CAC) | folD‑II | bifunctional methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/12); new base G (2/2); total (14/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
CTTCTGCCGCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCAC > NC_002947/2584697‑2584982 | cttctGCCGCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGc < 1:441045/150‑1 (MQ=255) ttctGCCGCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGtt < 1:119236/144‑1 (MQ=255) ttctGCCGCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGtt > 2:119236/1‑144 (MQ=255) gCCGCATACCGCGTGGTCTCCAGCGGGGACGGCAGGGTAATTAGCCCGAAGCCGCCCGGCACCGGGGGGATCCAGGCGGCGCCGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCACCCCGCTTGCCGGCTTCCTGGGGGCTGGTGCCCACg > 2:394677/1‑150 (MQ=255) ccGCATACAGCGTGTTATCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCGGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTACACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGCTGCCCACGt > 2:83427/1‑150 (MQ=255) ggCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCAGCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTTTGATCCAGCCGGCGCGGGGAAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCTGTTGATGCCCACGTc > 2:23415/2‑150 (MQ=255) cAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGAc < 1:483991/150‑1 (MQ=255) aGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCAGCCCGGCACCGGTGTGATCCGGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACTACGTCGCAGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTCATGCCCACGTCGATGACg > 2:201560/1‑150 (MQ=255) gCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGa > 2:567687/1‑150 (MQ=255) cagGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGccttcctt < 2:587365/150‑1 (MQ=255) gCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCGTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGa > 1:219332/1‑130 (MQ=255) gCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCGTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGa < 2:219332/130‑1 (MQ=255) gCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCGTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGa < 2:219161/130‑1 (MQ=255) gCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCGTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGa > 1:219161/1‑130 (MQ=255) aTCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTg > 2:244754/1‑150 (MQ=255) cGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGcc < 1:567687/150‑1 (MQ=255) cGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCACGACCGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGcc > 1:146288/1‑150 (MQ=255) ggTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGcc > 2:112417/1‑150 (MQ=255) tCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGa > 1:510907/1‑105 (MQ=255) tCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGa < 2:510907/105‑1 (MQ=255) gcgGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCtt < 2:177074/123‑1 (MQ=255) gcgGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCtt > 1:177074/1‑123 (MQ=255) cgGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCa < 2:25745/150‑1 (MQ=255) tcGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTggccg < 2:36604/150‑1 (MQ=255) gTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTggccggc > 1:443444/1‑150 (MQ=255) tCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTg < 2:146288/150‑1 (MQ=255) ccGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACACCAGACCAGGCCCGGCTTTCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTg < 1:533543/150‑1 (MQ=255) gACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGaa < 1:18470/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGCCGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCAc > 1:205274/1‑150 (MQ=255) | CTTCTGCCGCATACAGCGTGTTCTCCAGCAGGCACGCCCGGGTCATCGGCCCGACGCCGCCCGGCACCGGTGTGATCCAGCCGGCGCGGGGCAGGGCAGTCTCGTAGACCACGTCGCCGACCAGCTTGCCGTCTTCCTGGCGGTTGATGCCCACGTCGATGACGATGGCGCCTTCCTTGACCCACTCACCCTTGACCAGGCCCGGCTTGCCGGCAGCCACGACCACCAGGTCGGCACGCCCGACGTGGCCGGCCAGGTCCTTGGTGAAGCGGTGGCAGACGGTCAC > NC_002947/2584697‑2584982 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |