| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,981,913 | G→T | 16.0% | F165L (TTC→TTA) | PP_2607 ← | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,981,913 | 0 | G | T | 16.0% | 57.9 / 3.5 | 25 | F165L (TTC→TTA) | PP_2607 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/10); new base T (2/2); total (13/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
TTGCCGGTGGTAAGCCGGGTGCCGCGTGGGTGCTGCAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATCCGGGTAATAGTCGGGCGAGAGTGG > NC_002947/2981764‑2982053 | ttGCCGGTGGTAAGCCGGGTGCCGCGTGGGTGCTGCAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGccgccg > 2:574166/1‑150 (MQ=255) ctgcAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAg < 1:432219/150‑1 (MQ=255) ctgcAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAg < 1:574166/150‑1 (MQ=255) tgcAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAgg > 2:176757/1‑150 (MQ=255) cgcgcgcgTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCGTGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGc < 1:200004/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCg < 1:176757/150‑1 (MQ=255) gcgcCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGgc > 2:290536/1‑150 (MQ=255) tCAGGCAATGCCACAGCGTCCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCcgtc < 1:338277/148‑1 (MQ=255) tCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCcgtc > 2:338277/1‑148 (MQ=255) aTGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGAc < 2:600581/150‑1 (MQ=255) ccACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGGCGTCGTACTAGACAAt > 1:198630/1‑150 (MQ=255) gcggcgAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGaa > 1:210389/1‑150 (MQ=255) tGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCa < 1:110189/129‑1 (MQ=255) tGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCa > 2:110189/1‑129 (MQ=255) gCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCTAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCgtgt > 1:262020/1‑93 (MQ=255) gCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCTAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCgtgt < 2:261987/93‑1 (MQ=255) gCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCTAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCgtgt < 2:262020/93‑1 (MQ=255) gCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCTAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCgtgt > 1:261987/1‑93 (MQ=255) tGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCAc > 2:137187/1‑150 (MQ=255) aGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCg > 1:572157/1‑150 (MQ=255) gAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCggg > 1:98756/1‑150 (MQ=255) cTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATc < 2:98756/150‑1 (MQ=255) aCCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATCCGGGTAATAg > 2:4402/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATCCGGGTAATAGTc > 1:126255/1‑150 (MQ=255) gACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCATGCCGTAATCCTCACCCATTTAACACCGGTAAGCGGAGC‑GAGTGGGACCGTGTGCATCCGGGTAATAGTCGGGCga < 1:11726/150‑1 (MQ=255) catGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATCCGGGTAATAGTCTGGCGAGAGTgg < 2:210389/150‑1 (MQ=255) | TTGCCGGTGGTAAGCCGGGTGCCGCGTGGGTGCTGCAGGCGGTCGCGCGCGTAACGCGCCATCAACTTCAGGCAATGCCACAGCGACCTGGGTGAGCGGCGAATGCTGAGGAAATGCTGGATATCCACCCGGTTGACCATCATGCCGCCGAACAGCAGCATGCCGGGCGGTGGCATCTGCAGGTCCTTGAAGCGTGTGCCCAGGCGCTTGCCGTCGTACTCGACCATTT‑CCAGCGCCCGGCCGAACTGAGTGGCACCGGGTGCATCCGGGTAATAGTCGGGCGAGAGTGG > NC_002947/2981764‑2982053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |