Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,979,833 | T→A | 14.8% | D141V (GAC→GTC) | flgF ← | flagellar basal‑body rod protein FlgF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,979,833 | 0 | T | A | 14.8% | 58.9 / 5.0 | 27 | D141V (GAC→GTC) | flgF | flagellar basal‑body rod protein FlgF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/12); new base A (2/2); total (13/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.76e-01 |
GGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTCC > NC_002947/4979691‑4979976 | ggccggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCAcc > 2:201587/1‑150 (MQ=255) cggcTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACAGTCCAGTCCCTTCTTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGACGGCAccatc < 2:49540/150‑4 (MQ=255) cTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCTGTCGGCACccacttc < 2:452998/150‑1 (MQ=255) gAAGTAGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGGCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGCGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTc < 1:169879/150‑1 (MQ=255) ggATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCAATCACCCGCGGGTCTTAAACCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCcggcg > 2:298971/1‑150 (MQ=255) cGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGa > 2:552428/1‑150 (MQ=255) cAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGGTGGCGATCgg < 2:455630/150‑1 (MQ=255) aGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCggg > 1:192587/1‑150 (MQ=255) tCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc > 1:337508/1‑150 (MQ=255) tCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATg > 2:325352/1‑150 (MQ=255) ccAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCgg < 2:192587/150‑1 (MQ=255) cAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCGCTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCg < 1:478010/134‑1 (MQ=255) cAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCGCTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCg > 2:478010/1‑134 (MQ=255) cAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGc > 2:211649/1‑150 (MQ=255) cAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGAATGCCATTGCCGGc > 2:159740/1‑150 (MQ=255) tGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACgca < 2:427015/150‑1 (MQ=255) gACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAg < 1:14996/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc > 1:534763/1‑107 (MQ=255) cTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGc < 2:534763/107‑1 (MQ=255) ccATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGca < 1:211649/150‑1 (MQ=255) aTGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGAt < 2:24167/119‑1 (MQ=255) aTGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGAt > 1:24167/1‑119 (MQ=255) tGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGc < 1:298971/150‑1 (MQ=255) gtgggTGCCGACGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTAc < 2:356738/128‑1 (MQ=255) gtgggTGCCGACGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTAc > 1:356738/4‑131 (MQ=255) gATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGcc < 1:552428/150‑1 (MQ=255) gTGCCGACGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTcc > 1:218391/1‑150 (MQ=255) | GGCCGGCTGGCCGGAAGTGGTATGGATCAGACCGTCCAGGCCCTTCGTCAGGCCTTTGGTGTCCGGGTTGACCAGTTTGATGCGGTCGACCTCGGCCATCACCCGCGGGTCTTCACCCATGGAGCGGATGCTGATGGTGCCGTCGGCACCCACTTCCACTTTCTGCTCCGGCGGGATGGCGATCGGGCCACCGTTGCCGATCACCGGCATGCCATTGCCGGCACGCAGCACACCGAGGGCATCGATGTTCAGGCTACCGGTACGCACATAGGCTTCGCTGCCGTCC > NC_002947/4979691‑4979976 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |