| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,203,029 | C→A | 12.5% | L430M (CTG→ATG) ‡ | PP_4583 → | putative Peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,203,029 | 0 | C | A | 12.5% | 78.3 / 3.3 | 32 | L430M (CTG→ATG) ‡ | PP_4583 | putative Peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/13); new base A (2/2); total (17/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
CGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTT > NC_002947/5202881‑5203175 | cGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCt < 1:33996/150‑1 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa > 1:125782/1‑150 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa < 2:365596/150‑1 (MQ=255) tCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGa < 1:447699/150‑1 (MQ=255) aaCTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAgg > 1:554352/1‑150 (MQ=255) aaCTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACAGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAgg > 2:140819/1‑150 (MQ=255) aCTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGGGCTCGGTGCATTCGGTGCGGATTACTATGTCAGTGAGCGCGTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGGTCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGa > 1:329016/1‑150 (MQ=255) gTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGc > 2:519275/1‑116 (MQ=255) gTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGc < 1:519275/116‑1 (MQ=255) ttGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑Gc > 2:319371/1‑150 (MQ=255) cccAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCAc < 2:554352/150‑1 (MQ=255) cTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCActgtacctgtac > 2:89698/1‑150 (MQ=255) aaGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGc > 1:542115/1‑150 (MQ=255) aaGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGc > 2:413846/1‑150 (MQ=255) gCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGc < 2:125782/150‑1 (MQ=255) aTTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCt < 2:329016/150‑1 (MQ=255) ttCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTc > 1:230047/1‑150 (MQ=255) aCTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGCCATGG‑GGTAGACCGTGGCGGTGGACCAGTTCGTCGGTAGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTtct < 1:319371/150‑1 (MQ=255) gTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCTAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACAt > 1:427035/1‑150 (MQ=255) tCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATg > 1:283790/1‑150 (MQ=255) cAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgc < 2:575416/150‑1 (MQ=255) aGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTGTGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgcg > 1:222065/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGc > 2:180326/1‑150 (MQ=255) gtgGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCct < 2:230047/150‑1 (MQ=255) gCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgc < 1:127983/134‑1 (MQ=255) gCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATgc > 2:127983/1‑134 (MQ=255) aaCCGCAGCGGACGGTATCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCAAGGCCCTCCAGCGCCA‑GGTAATACTTTACCTGTACGGCTATCGTGCCTCTGGCGACAGCCTCGACGCGTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGa < 1:140819/150‑1 (MQ=255) tgatcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCgcggcg > 2:139126/5‑150 (MQ=255) atcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTg < 1:139126/148‑1 (MQ=255) tcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGa < 2:186669/128‑1 (MQ=255) tcGGCACCAGGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGa > 1:186669/2‑129 (MQ=255) aCCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCttt < 1:93541/150‑1 (MQ=255) | CGAAGCGCTCAACCGCCCGGCCCAGGTGCGCCAACTGACGTTGCCCACGGGCGCCCAGGTGGTGCTCAAGCAAACCCCGGTGCTCGGTGCATTCGATGCCGATGACTATGTCAGTGAGCGCCTGTGGGCAACCGCAGCGGACGGCACCCTGGTGCCGATCAGCCTGGTACGCCGCCGCCAGGACCTGG‑GCAAGACCGTGCCACTGTACCTGTACGGCTATGGTGCCTATGGCGAAAGCCTCGACCCCTGGTTCTCACATGCGCGCCTGAGCCTGCTGGAGCGCGGCGTGGCCTTT > NC_002947/5202881‑5203175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |