| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,298,178 | C→A | 16.0% | A658S (GCC→TCC) | recD ← | multifunctional ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease/ssDNA endonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,298,178 | 0 | C | A | 16.0% | 58.3 / 2.3 | 25 | A658S (GCC→TCC) | recD | multifunctional ATP‑dependent DNA helicase/dsDNA/ssDNA exonuclease/ssDNA endonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/12); new base A (2/2); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
ACGTGTAATGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGAGCCGG > NC_002947/5298052‑5298320 | aCGTGTAATGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGc < 1:67693/127‑1 (MQ=255)aCGTGTAATGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGc > 2:67693/1‑127 (MQ=255) aaTGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGGCAATGCCTTGGCTTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCt < 1:533706/150‑1 (MQ=255) aaTGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCt > 1:450046/1‑150 (MQ=255) gtgtCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTc < 1:544881/150‑1 (MQ=255) tCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGc > 1:398938/1‑150 (MQ=255) aGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGa > 1:234679/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGt < 1:349093/132‑1 (MQ=255) cTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGt > 2:349093/1‑132 (MQ=255) gCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTGCGgca > 2:434396/1‑150 (MQ=255) cATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCt > 1:435593/1‑119 (MQ=255) cATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCt < 2:435593/119‑1 (MQ=255) cATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGgcag > 2:56009/1‑150 (MQ=255) cccGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAg > 2:28520/1‑150 (MQ=255) aaTACTCCGTACGTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAgt < 2:190800/150‑1 (MQ=255) gTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGACCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGa > 1:186617/1‑150 (MQ=255) aCCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTgg < 2:450046/150‑1 (MQ=255) gCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGAc < 1:28520/150‑1 (MQ=255) gAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGACCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCAc < 2:186617/150‑1 (MQ=255) tGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATAc < 2:234679/150‑1 (MQ=255) gCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTc > 1:270161/1‑150 (MQ=255) aGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGa < 2:598165/150‑1 (MQ=255) cAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGAGc < 1:56009/150‑1 (MQ=255) cAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGAGc < 1:434396/150‑1 (MQ=255) tGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGAGCCgg < 2:398938/150‑1 (MQ=255) ttGGACCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTgg > 1:5660/1‑81 (MQ=255) ttGGACCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTgg < 2:5660/81‑1 (MQ=255) | ACGTGTAATGGGTGTCATGGCCCTAGACCTGCTCGAGCATCAACCCGGAAATACGCCGTACTTTGCGCGCCACCGCTTCTTCGAAAATGCCTTGGCGTGGCTCGACCAGGCTGAAGCAGTGCTTGGCCCGGGTGATGCCGGTGTACACCAGTTCCTTGGTCAGCACCGGGTTGAGCGCCTCCGGCAGCACCAGGGCAGTGTGGCTGAACTCCGAGCCCTGGGACTTGTGCACGGTCATGGCGAATACCGTCTCCACTTCGTTGAGCCGG > NC_002947/5298052‑5298320 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |