| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 672,373 | C→A | 23.9% | Y475* (TAC→TAA) | PP_0573 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 672,373 | 0 | C | A | 23.9% | 32.7 / 7.6 | 21 | Y475* (TAC→TAA) | PP_0573 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/8); new base A (3/2); total (11/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
GCGGCTTTCCGGTTTGCAGAGCGACACGCTGCTGGATAACTGGCAGGGGGTGGTGTCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCGGGGACCGGTG > NC_002947/672235‑672514 | gCGGCTTTCCGGTTTGCAGAGCGACACGCTGCTGGATAACTGGCAGGGGGTGGTGTCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCa < 1:574315/150‑1 (MQ=255) tttCCGGTTTGCAGAGCGACACGCTGCTGGATAACTGGCAGGGGGTGGTGTCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCgg > 2:362273/1‑150 (MQ=255) tGGCAGGGGGTGGTGTCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGGTTACGGGcac > 2:587711/1‑148 (MQ=255) gtCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGCTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCACGGTTACCCGCGCGATGAGGCGGACGGTGCTGGGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTAAACTACACCGTggg > 1:5734/1‑148 (MQ=255) cGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGAt < 1:362273/150‑1 (MQ=255) gAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCa > 1:220122/1‑150 (MQ=255) tgatgaTCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGt > 1:310022/1‑150 (MQ=255) aCAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCggtgg < 2:220122/150‑1 (MQ=255) cAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCggtggt < 1:486487/150‑1 (MQ=255) tGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTg < 1:349994/100‑1 (MQ=255) tGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTg > 2:349994/1‑100 (MQ=255) aaTTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCgg < 1:574931/150‑1 (MQ=255) tgatcgcgcGGGTAACCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCGGGGa > 1:22835/6‑150 (MQ=255) ggCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCgg > 1:105394/1‑143 (MQ=255) ggCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCgg < 2:105394/143‑1 (MQ=255) ggCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCGGGGACCgg > 1:13342/1‑150 (MQ=255) cgcgcGGGTAACCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCggg < 2:169866/143‑1 (MQ=255) cgcgcGGGTAACCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCggg > 1:169866/2‑144 (MQ=255) gcgcGGGTAACCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGt < 1:86833/96‑1 (MQ=255) gcgcGGGTAACCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGt > 2:86833/1‑96 (MQ=255) cgcgGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCGGGGACCGGTg < 2:310022/150‑1 (MQ=255) | GCGGCTTTCCGGTTTGCAGAGCGACACGCTGCTGGATAACTGGCAGGGGGTGGTGTCCGGGGCGTTGTACTGGAGTGATGATCGCTTGCCCGACAGCGAGCGTGCGGGGTTTGGCGGGCAGAATTTCGGGCGCGGTTACCCGCGCGATCAGGCGGACGGTGACAAGGGCTGGGGTGTGGCTTACGAGCTCAACTACAGCGTGCGCAGTAGATGGCTTGCGCAGGTTCAACCCTATGCGGTGGTGGATACCGCTCAGGCCTGGCATAACCGGGGACCGGTG > NC_002947/672235‑672514 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |