| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,340,126 | 0 | C | T | 40.0% | 82.7 / 107.3 | 95 | intergenic (+67/‑264) | ribAB‑II/PP_3814 | 3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase/polyamine ABC transportersubstrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/26); new base T (19/19); total (50/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCC > NC_002947/4339979‑4340273 | ccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGacac < 1:2089377/150‑1 (MQ=255)ccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGacac < 1:4759324/150‑1 (MQ=255)ccgcTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGacac < 1:533003/150‑1 (MQ=255) cTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGAcaccac < 1:1449254/150‑1 (MQ=255) aaTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGAc < 1:207626/150‑1 (MQ=255) aTACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGCCCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGCGGGGTTTACCCCCAAAT‑CGAGGGGGGcacccaccccc > 2:2172190/1‑143 (MQ=255) tACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGc < 1:4706159/150‑1 (MQ=255) tACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGc < 2:2304836/150‑1 (MQ=255) 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tGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGt > 1:4211802/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTg > 2:840920/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTg > 1:5147262/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTg > 1:4484456/1‑150 (MQ=255) gAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTg > 1:4762405/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) | CCGCTGAAATACGCGGGGCTGGCGGGCTATGAGCTGGAGGTGGTGCAGAGCATCCCGTTCGACCCGGGGATGGATGGCTGAGAACACACAAGCAATTGATTTAGCGGGGCCCTGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAATGCGAGGGTGACACCACCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGCCCTTGGTGCTTTTGACAGGGCGGAGTGATGGCCGGTCGCCCCATACCTCTTGCCAAAATCTTGGAATACCATAATATGATATCCCGTAGACCTTGAGTCTGCAGGCC > NC_002947/4339979‑4340273 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |