| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,270,486 | Δ1 bp | 5.1% | coding (1642/1953 nt) | PP_2869 ← | FMN‑binding oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,270,486 | 0 | C | . | 5.1% | 246.7 / 7.3 | 79 | coding (1642/1953 nt) | PP_2869 | FMN‑binding oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/32); new base . (2/2); total (45/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
TTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCAG > NC_002947/3270337‑3270634 | ttCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCtctc > 2:985046/1‑150 (MQ=255) tCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCg > 1:1294109‑M2/1‑149 (MQ=255) aGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCgccgc < 1:310242‑M2/150‑6 (MQ=255) aGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCgccgc > 1:1728805‑M2/1‑145 (MQ=255) gATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCa > 2:1076242/1‑150 (MQ=255) atcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGa > 2:2073510/1‑150 (MQ=255) atcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGa < 2:832686/150‑1 (MQ=255) atcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGa > 2:937288/1‑150 (MQ=255) gccgcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGCCAGGGATACCCCGGCGATGCATCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGtt < 2:1463462/150‑1 (MQ=255) gccgcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGtt < 2:830538/150‑1 (MQ=255) ccgcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTg > 2:2085959/1‑150 (MQ=255) cgcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGa < 1:465641/150‑1 (MQ=255) gcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGAc < 2:1474786/150‑1 (MQ=255) 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cacCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGcc > 2:2419310/1‑150 (MQ=255) cacCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTAATGACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCTAACTGTACCGGATGGcc > 1:1108156/1‑150 (MQ=255) acCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATTGCCt > 1:2345562/1‑150 (MQ=255) acCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCt > 2:266100/1‑150 (MQ=255) ccGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCtt > 2:419418/1‑150 (MQ=255) 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gtaAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCAtt < 2:2022757/150‑1 (MQ=255) gtaAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGGTGCACTTCAtt > 1:1563932/1‑150 (MQ=255) ggC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCTATCACCAGCACCGAACGCCCAAGTTTCACTTCATTGCgcagc < 1:676197/150‑1 (MQ=255) gCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCg < 2:1579635/67‑1 (MQ=255) gCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCg > 1:1579635/1‑67 (MQ=255) gCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAgc > 2:2137737/1‑95 (MQ=255) gCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAgc < 1:2137737/95‑1 (MQ=255) tctcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGcc > 2:693612/1‑150 (MQ=255) tctcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGAGCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGcc > 2:1381930/1‑150 (MQ=255) ctcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCa < 2:2111254/150‑1 (MQ=255) ctcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCa < 1:2419310/150‑1 (MQ=255) ctcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCa < 2:2345562/150‑1 (MQ=255) tcGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCAg < 2:1489185/150‑1 (MQ=255) | TTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGC‑AG‑GCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAGTCGATCACCAGCACCGAACGCCCCGGTTTCACTTCATTGCGCAGCAGTTGCCAG > NC_002947/3270337‑3270634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |