| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 838,010:1 | +C | 6.5% | intergenic (‑43/+37) | pth ← / ← rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 838,010 | 1 | . | C | 6.5% | 437.3 / 19.9 | 107 | intergenic (‑43/+37) | pth/rplY | peptidyl‑tRNA hydrolase/50S ribosomal protein L25/general stress protein Ctc |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (47/53); new base C (2/5); total (49/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
TGGGCGCTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTAACCCGATCAACGCCGGCGTGCGAGTGGATTACTCGGCAGCGCCTTCTGCTTCTGGAGCAACGCGTGGAGCGTGAACGTTGGCAACAGCTTTGTCATCACCGTGGGCCAGAGCGACGAACTCTACGCCTTTCGGAGCT > NC_002947/837861‑838155 | gcTGGCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACt < 1:1835192/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCGCCTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTGC‑CGCACGCACTGTaa < 1:169375/150‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTTCAACGAAAAGAGCCCCTGCGTTATGCCGGGTCTGTTCGTATTCGGGGCCGGGGTTACCCAGGCCAACGATCAACTGGATGGCGGTCACGTCAGGGGCTCTTCCTTGGAGTTGGT‑GGGTTACAGTGCGCGCG‑GCACTGTaa < 2:571261/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |