| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,719,306:1 | +T | 6.2% | coding (390/585 nt) | nfuA → | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,719,306 | 1 | . | T | 6.2% | 509.9 / 26.7 | 130 | coding (390/585 nt) | nfuA | Fe/S biogenesis protein NfuA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (59/63); new base T (4/4); total (63/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGCGT > NC_002947/2719157‑2719455 | gTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTGCCGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGACAGCCATggc < 2:244417/150‑1 (MQ=255) tACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAg < 2:2152148/150‑1 (MQ=255) tACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAg < 1:1988803/150‑1 (MQ=255) 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aaCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAg > 1:1091784/1‑150 (MQ=255) aCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGc < 1:247729/150‑1 (MQ=255) aCCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGc < 1:920946/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATc < 1:1943406/129‑1 (MQ=255) cccGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATc > 2:1943406/1‑129 (MQ=255) gCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTc > 1:791892/1‑150 (MQ=255) accTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTc > 2:742155/2‑150 (MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCa < 2:294545/107‑1 (MQ=255) ccTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCa > 1:294545/1‑107 (MQ=255) ccTGGCC‑GCCATGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGGCTTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTcc > 1:565008/1‑150 (MQ=255) ctgnccgccaTGGCTGGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCg > 2:1514659/7‑150 (MQ=255) ggCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGa < 1:1527993/150‑1 (MQ=255) gccagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAg < 1:134099/150‑1 (MQ=255) cagccaTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCt < 1:1042010/150‑1 (MQ=255) aTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAgg < 1:963932/150‑1 (MQ=255) aTGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAgg < 1:1235442/150‑1 (MQ=255) | GTCGACTACGCCACCGACCGCATGGGTGGCCAGCTGACCATCAAGGCGCCAAACGCCAAGGTGCCGATGGTCAACGAAGACAGCCCGATCAACGAACGTATCAACTACTACCTACAGACCGAGATCAACCCCGGCCTGGCCAGCCATGGC‑GGCCAGGTGAGCCTGGTGGACGTGGTCGATGACGGCATTGCCGTACTGCAGTTCGGTGGTGGCTGCCAGGGTTGCGGCCAGGCCGATGTCACCCTGAAGGAAGGCATCGAGCGCACCCTGCTCGAGCGTATTCCGGAGCTGAAGGGCGT > NC_002947/2719157‑2719455 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |