| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 3,089,094:1 | +T | 8.6% | coding (102/510 nt) | PP_2697 ← | flavin reductase domain‑containing oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,089,094 | 1 | . | T | 8.6% | 341.6 / 27.3 | 93 | coding (102/510 nt) | PP_2697 | flavin reductase domain‑containing oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (42/43); new base T (4/4); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 | |||||||||||
GACCTGCTCACCTGACAGGATGTTGACCGTGAAGCGGCCAGCCTGGCGGATTTTCGGGTAGCTGGCCGAACTGGACATCACACTGAATGACACCAGCGGCGGGCTCATCGATACGCTGTAGAACGACTGGCAGGTGAAGCCGATCGGC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGCCGTACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCT > NC_002947/3088947‑3089243 | gACCTGCTCACCTGACAGGATGTTGACCGTGAAGCGGCCAGCCTGGCGGATTTTCGGGTATCTGGCCGAACTGGACATCACACTGAATGACACCAGCGGCGGGCTCATCGATACGCTGTAGAACGACTGGCAGGTGAAGCCGATCGGC‑Tc > 2:2104443/1‑150 (MQ=255) cTGCTCACCTGACAGGATGTTGACCGTGAAGCGGCCAGCCTGGCGGATTTTCGGGTAGCTGGCCGAACTGGACATCACACTGAATGACACCAGCGGCGGGCTCATCGATACGCTGTAGAACGACTGGCAGGTGAAGCCGATCGGC‑TCAcc > 1:1696239/1‑150 (MQ=255) cTGCTCACCTGACAGGATGTTGACCGTGAAGCGGCCAGCCTGGCGGATTTTCGGGTAGCTGGCCGAACTGGACATCACACTGAATGACACCAGCGGCGGGCTCATCGATACGCTGTAGAACGACTGGCAGGTG‑AGCCGATCGGC‑ttcacc < 2:1981303/150‑6 (MQ=255) 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(MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGc > 1:2165446/1‑63 (MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGc > 2:1924859/1‑85 (MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGc < 1:1924859/85‑1 (MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGCCGTACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTcc > 2:93363/1‑150 (MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGCCGTACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTcc > 1:1501624/1‑150 (MQ=255) gC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGCCGTACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTcc > 2:712775/1‑150 (MQ=255) 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GACCTGCTCACCTGACAGGATGTTGACCGTGAAGCGGCCAGCCTGGCGGATTTTCGGGTAGCTGGCCGAACTGGACATCACACTGAATGACACCAGCGGCGGGCTCATCGATACGCTGTAGAACGACTGGCAGGTGAAGCCGATCGGC‑TCACCTTCGTGGTGCGATGTAATCACCGTGATGCCGGATGCGTAGTGCCCGAGTGCCTGGCGAAAAGTCGACGGCTCGATCGCCGTACTGGAAAGCAACATGGTAGGTCCTGTGGCTGCATTCATTTCAGCGTGCGTTAGCGAGTTCCT > NC_002947/3088947‑3089243 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |