| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,199,455:1 | +A | 9.6% | coding (103/582 nt) | PP_2806 ← | TetR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,199,455 | 1 | . | A | 9.6% | 304.4 / 28.0 | 83 | coding (103/582 nt) | PP_2806 | TetR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (36/39); new base A (5/3); total (41/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
CCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCCCGGC > NC_002947/3199308‑3199603 | ccGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑Ga < 1:1533010/150‑1 (MQ=255) cGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GAt < 1:2052613/150‑1 (MQ=255) aTTCCGGCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTc < 1:704518/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCCGTCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTc < 1:851463/150‑1 (MQ=255) aTTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTc < 2:1061863/150‑1 (MQ=255) cgccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCg < 1:2071839/150‑1 (MQ=255) ccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCggg > 2:1543561/1‑150 (MQ=255) ccgccgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCggg > 2:1140249/1‑150 (MQ=255) cgTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgt < 1:1342913/150‑1 (MQ=255) gTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGCCTAGCTGAGATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTtgtg < 2:919043/150‑1 (MQ=255) cTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTgg < 1:1653676/150‑1 (MQ=255) gtTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCANGtt < 2:1514474/150‑1 (MQ=255) gCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcg > 1:452158/1‑150 (MQ=255) cAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgc < 1:2037091/150‑1 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCTCTGTGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgcg > 2:189904/1‑150 (MQ=255) aaCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCcgcg > 1:1800741/1‑150 (MQ=255) aCGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGTCTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTACGCGa > 1:322363/1‑150 (MQ=255) aTTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCa > 1:1435236/1‑150 (MQ=255) ttgCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTTCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCGACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCtt > 1:1747898/1‑150 (MQ=255) cATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGt > 2:1743285/1‑150 (MQ=255) aTGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAAGCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTg < 1:997769/150‑1 (MQ=255) ttGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCTCGATCACCTTCACGGTGGcc > 2:1764372/1‑150 (MQ=255) gATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTc < 2:2031615/150‑1 (MQ=255) tCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGa < 1:2055470/150‑1 (MQ=255) ggACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa < 1:2317288/150‑1 (MQ=255) gACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa < 1:1591280/149‑1 (MQ=255) gACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATaaa > 2:1591280/1‑149 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcc > 2:1678764/1‑150 (MQ=255) tCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcc > 2:2184865/1‑150 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg < 2:1027956/88‑1 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg > 1:1027956/1‑88 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCAt < 2:723714/110‑1 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCAt > 1:723714/1‑110 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcctg > 1:234101/1‑150 (MQ=255) gTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTcctg > 1:370534/1‑150 (MQ=255) tAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGAAACGATTCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGctct < 1:982634/150‑1 (MQ=255) cTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg < 2:2212312/70‑1 (MQ=255) cTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCgg > 1:2212312/1‑70 (MQ=255) cTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGc < 2:1147604/147‑1 (MQ=255) cTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGc > 1:1147604/1‑147 (MQ=255) 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ttGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGa < 2:234101/150‑1 (MQ=255) tGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAg < 1:1268082/150‑1 (MQ=255) tgGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCAtt > 2:2372582/1‑150 (MQ=255) gAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCa < 2:2214086/133‑1 (MQ=255) gAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCa > 1:2214086/1‑133 (MQ=255) 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ccggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGt > 2:96261/2‑76 (MQ=25) ccggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGt < 1:96261/75‑1 (MQ=25) ggcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgccg > 1:269527/1‑150 (MQ=255) gcgAATC‑GCTGCGGCAGCAGATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTgccgc > 1:284848/1‑150 (MQ=255) gaatcgctgcGGCAGCAGATTCGCCGGGTGAATTCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGccgccg > 1:62698/6‑150 (MQ=255) aTCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCAGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGc < 1:1743285/150‑1 (MQ=255) ctgcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTc < 1:1817325/94‑1 (MQ=255) ctgcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTc > 2:1817325/1‑94 (MQ=255) ctgcCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCtt < 2:527392/150‑1 (MQ=255) aGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCCCgg > 2:1955200/1‑150 (MQ=255) gC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCCCGGc < 2:1601308/150‑1 (MQ=255) gC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCCCGGc < 1:1211298/150‑1 (MQ=255) | CCGATTCCGCCGCCGTGGCGCCTGTCGGCACGTGTTGCAACGATTGTTGCGGCATGTTGATCAAGGACTCGTAGACCGCATAGAACAGCTCGTCCTTGGTGTGGAAGACATAGTGCAACGATGCCAGCGGCGAATCTGCTGCCGCAGC‑GATTCGCCGGGTTGTGGCGTTGGCCACCCCATGTTCCGCGATCACCTTCACGGTGGCCTCGATAAAGTCCTGCCTGCGCTCTTCAGCACCAATCCGAGCCATTGAGCGTTCTCCCTTTTCGGTATTGCCGCCGGCCCCTTGGCCCGGC > NC_002947/3199308‑3199603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |