New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5704565 = | 100 (1.070) | 7 (0.090) | 6/198 | NT | 10.6% | intergenic (+34/+78) | PP_5006/PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
? | NC_002947 | 5704628 = | 39 (0.530) | intergenic (+97/+15) | PP_5006/PP_5007 | TetR family transcriptional regulator/polyhydroxyalkanoate granule‑associated protein GA2 |
AGCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5704738‑5704565 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttgtaggagcgggtttacccgcgaaGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG > NC_002947/5704628‑5704776 AGCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCT > 1:1604042/1‑150 GCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTT < 2:187347/150‑1 CGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTG < 2:686166/150‑1 CGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTG < 1:559230/150‑1 CGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTG < 1:1815165/150‑1 GCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAACCCTTGT < 2:1678078/150‑1 GCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGT < 2:2331667/150‑1 CTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTA < 1:769954/150‑1 CTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTA < 1:1907146/150‑1 CTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCG < 1:2155473/150‑1 GCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGG < 1:1903834/150‑1 AGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGTAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTT < 1:830062/150‑1 GCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTT > 1:130873/1‑150 CGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTA < 1:1267716/150‑1 CCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCC < 1:1671540/150‑1 cCAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGCTGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC < 1:1291825/149‑1 CCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTG > 2:637450/1‑115 CCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTG < 1:637450/115‑1 CCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGG > 1:1529916/1‑122 CCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGG < 2:1529916/122‑1 GCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGGGGCGGCAGTTGCCGGTGCGGTGGTCGCTGCAGG > 2:407168/1‑150 GCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACG < 1:1721196/98‑1 GCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACG > 2:1721196/1‑98 CTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGT < 1:2403359/134‑1 CTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGT > 2:2403359/1‑134 CTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA < 1:229310/44‑1 CTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > 2:229310/1‑44 catnTTGTAGGAGCGGGTTTCCCCGCGAAGCAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGGCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGGAGTTGCCGGGGCAGTGGGCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGg > 2:1506276/5‑149 CTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCT < 2:8302/123‑1 CTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCT > 1:8302/1‑123 CTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCCAGCTGCAGCGCGGGGCGGTGGCAGGGGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCGGGTGCT > 1:877217/1‑150 TTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCCGGCGCTGCGCTGTCAGCTGGTGCTG > 2:549826/1‑150 GTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCT > 2:1622363/1‑150 TAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTG < 2:794031/150‑1 GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGT > 2:640339/1‑150 GGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGT < 1:1406815/150‑1 AGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTACTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTT < 2:830062/150‑1 GCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTG < 1:187347/150‑1 GCGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTG < 2:1125856/150‑1 CGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGG < 2:396453/150‑1 CGGGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGG < 2:1267716/150‑1 GGTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCC < 1:1328243/150‑1 GTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCTTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCG > 2:117421/1‑150 GTTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCG > 1:1323341/1‑150 TTTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGC > 1:1370357/1‑150 TTACCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCT < 1:2054522/150‑1 CCCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCC < 1:426064/150‑1 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCG > 1:1192515/1‑150 CCGCGAAGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTCGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGCTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCG < 2:1192515/150‑1 AGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG < 1:450242/150‑1 AGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGATTTAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG < 1:1358057/150‑1 AGCGCTGCGCCTGCAGCGACCACAGCACCGGCAACTGCCGCCACCCCGGCCAGCAGCACGCCGTCGGCACCGACTGGCACCGGTACCCTGATCTGATACCGCGTCGCCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAGATGCGCCAAACCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/5704738‑5704565 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttgtaggagcgggtttacccgcgaaGAAGGCGACGCGGTATCAGATCAGGGTACCGGTGCCAGTCGGTGCCGACGGCGTGCTGCTGGCCGGGGTGGCGGCAGTTGCCGGTGCTGTGGTCGCTGCAGGCGCAGCGCTGGCAGCTGGTGCTGCTGGTTTGGCCGCTGCCGGTTTGG > NC_002947/5704628‑5704776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |