New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5816927 | 24 (0.260) | 15 (0.190) | 11/214 | NT | 41.4% | intergenic (+57/+72) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
? | NC_002947 | = 5816954 | 22 (0.280) | intergenic (+84/+45) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
TATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5816774‑5816927 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcccgctcccacaggtaTGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCACGT < NC_002947/5816954‑5816812 TATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA > 2:1252158/1‑150 CTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGA > 2:765589/1‑150 GCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:1030052/124‑1 GCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG > 2:1030052/1‑124 CTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCT > 1:1272795/1‑150 ACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTtt < 2:1272795/150‑3 ACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGT < 1:765589/150‑1 GTGGTGGCCAAGCGTGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGG < 1:2260022/150‑1 GTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGG < 1:1896197/150‑1 GTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCATCCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTTCTCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGG < 1:299434/150‑1 GGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGA < 2:1481162/150‑1 TGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGC < 1:1315708/150‑1 CAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGTGGGC < 1:232066/150‑1 AAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCC < 1:686956/91‑1 AAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCC > 2:686956/1‑91 GAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGG > 2:603332/1‑127 GAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGG < 1:603332/127‑1 AAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTTCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGG < 2:1903540/133‑1 AAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTTCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGG > 1:1903540/1‑133 GCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTG < 2:87013/92‑1 GCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTG > 1:87013/1‑92 GCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTG < 1:474901/150‑1 CCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGC > 2:1274243/1‑150 CCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCC < 1:1251447/112‑1 CCGCTCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCC > 2:1251447/1‑112 TCCCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACC > 1:2386742/1‑150 CCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCAC > 1:1916150/1‑150 CCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCAC > 1:1478416/1‑150 CCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGC > 2:1722241/1‑105 CCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGC < 1:1722241/105‑1 CCACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACCCGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCAC > 2:1350637/1‑150 CACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCACG > 2:1119169/1‑150 ACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCACGT > 1:485957/1‑150 ACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGG < 1:972344/102‑1 ACAGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGG > 2:972344/1‑102 AGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCA > 2:2381106/1‑127 AGGTATGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCA < 1:2381106/127‑1 TATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/5816774‑5816927 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgcccgctcccacaggtaTGTGAGCTGCGCGCGAGAGCGACGCGCTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGCCGGTACCGGATAGCGCCGATCAGCTTAACGCTTGGCCAGACTCAGCTGCTGCTCTTTCGGCAGCACCCGCTTGGCCACCACGT < NC_002947/5816954‑5816812 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |