| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5981424 = | 78 (0.840) | 5 (0.060) | 5/238 | NT | 6.4% | coding (2013/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase |
| ? | NC_002947 | 5981454 = | 73 (0.820) | coding (2043/5049 nt) | PP_5242 | GAF domain‑containing sensor histidine kinase | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GCCCAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATG > NC_002947/5981305‑5981603 | gCCCAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGt > 2:1108537/1‑150 (MQ=255) cccAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTa < 2:2404551/150‑1 (MQ=255) cccAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTa > 2:35790/1‑150 (MQ=255) ccAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTAT < 1:1823483‑M1/150‑1 (MQ=255) cAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGCGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATC > 1:2430088‑M1/1‑150 (MQ=255) cAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATC > 2:486572‑M1/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCC > 2:231234‑M1/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCT > 1:578904‑M1/1‑150 (MQ=255) gCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCT < 1:839412‑M1/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTG > 2:2311534‑M1/1‑150 (MQ=255) ccAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCACCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTG < 1:665553‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGG < 2:696169‑M1/150‑1 (MQ=255) aGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGC > 2:77621‑M1/1‑150 (MQ=255) cGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCAt < 1:2311534/150‑1 (MQ=255) gAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATg < 1:1597787/150‑1 (MQ=255) aaCCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATgc > 2:1822099/1‑150 (MQ=255) cgctgcaaacccgcaggggctggcgcgttgtagctggctggcgagctcgaacaacacctcgtgcgttcgccctggccaagcctggcgcatggccagggcgatacgtgcaccagcgcgcctcgctgcatgcacgTATCGCCCTGGCCATgc < 1:686993‑M2/17‑1 (MQ=255) aCCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATgcg > 1:1584690/1‑150 (MQ=255) ccTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTGACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGcc > 2:1018846/1‑150 (MQ=255) ccTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGcc > 2:1044571/1‑150 (MQ=255) aGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtg > 1:2234341‑M2/1‑148 (MQ=255) ccgcaggggctggcgcgttgtagctggctggcgagctcgaacaacacctcgtgcgttcgccctggccaagcctggcgcatggccagggcgatacgtgcaccagcgcgcctcgctgcatgcacgTATCGCCCTgg < 1:2288627‑M2/11‑1 (MQ=255) ccgcaggggctggcgcgttgtagctggctggcgagctcgaacaacacctcgtgcgttcgccctggccaagcctggcgcatggccagggcgatacgtgcaccagcgcgcctcgctgcatgcacgTATCGCCCTgg > 2:2288627‑M2/124‑134 (MQ=255) ccTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggc < 1:2287517‑M2/150‑5 (MQ=255) cTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggcc < 1:314699‑M2/150‑6 (MQ=255) cTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggcc < 2:2013960‑M2/150‑6 (MQ=255) cTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggcc < 1:1447165‑M2/150‑6 (MQ=255) ttGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCAagcctggcgcatggcca > 1:2117660‑M1/1‑133 (MQ=255) gATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCAagcctggcgcatggccagg < 2:970892‑M1/150‑20 (MQ=255) aTTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCGTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggccaggg > 2:915229‑M2/1‑141 (MQ=255) ttGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTtggccagggc > 2:2029803‑M2/1‑140 (MQ=255) gcgcTGGCTTCCTGTAACCCGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGATCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCGCCCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGaa < 1:1550978/150‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGaa < 2:1857059/150‑1 (MQ=255) 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aCTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCACAGATGGGAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTg > 1:2092010/1‑150 (MQ=255) ttaCGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCg > 2:1808265/3‑150 (MQ=255) tCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCg > 1:1927621/1‑150 (MQ=255) cccGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCg < 1:1018846/150‑1 (MQ=255) ccGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGa > 1:2005065/1‑76 (MQ=255) ccGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGa < 2:2005065/76‑1 (MQ=255) GTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTc > 2:1927621‑M1/1‑150 (MQ=255) gcatgcagcgaggcgcgctggtgcacgTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGc < 1:1147785‑M2/117‑1 (MQ=255) gcatgcagcgaggcgcgctggtgcacgTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGc > 2:1147785‑M2/28‑144 (MQ=255) c‑cAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCAagcctggcgcatggccag > 1:2350764‑M1/1‑38 (MQ=255) cAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGACCGCACGAGGCGTTGTTCGAGCGCGCCAGCCAGCTAGAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGGAGCGTTCCTGccg > 2:1301639/1‑148 (MQ=255) cAGCGAGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGAGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCACCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGAGTTCCTGCAg < 2:225166/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGc < 2:668950/150‑1 (MQ=255) aGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCACTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGc < 2:2018352/150‑1 (MQ=255) gcCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTa < 1:77621/150‑1 (MQ=255) ccTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTAc < 2:456175/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTAcg > 2:1057213/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTAcgc < 2:880383/150‑1 (MQ=255) tCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTAcgc > 1:1719950/1‑150 (MQ=255) gCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGa > 2:400634/1‑150 (MQ=255) tgcacgTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGc > 1:2223546‑M2/7‑150 (MQ=255) gcacgTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGa < 1:143699‑M2/105‑1 (MQ=255) gcacgTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGa > 2:143699‑M2/6‑110 (MQ=255) gcaCGTATCGCCCTGGCCAtgcgccaggcttggccagggcgatacgtgcatgcagcgaggcgcgctggtgcacgggcgtgagtgcataagcggcctccatcacccggtcatgagtgaagcccaagccgttctggcccggttgcaggaagc > 1:112126‑M1/1‑19 (MQ=255) tATCGCCCTGGCCAagcctggcgcatggccagggcgatacgtgcatgcagcgaggcgcgctggtgcacgggcgtgagtgcataagcggcctccatcacccggtcatgagtgaagcccaagccgttctggcccggttgcaggaagccagcg > 2:2410235‑M1/1‑14 (MQ=255) | GCCCAACCGCCAGGCGAACCCTTGAAAGCCTTGATTGGCGCTGGCTTCCTGCAACCGGGCCAGAACGGCTTGGGCTTCACTCATGACCGGGTGATGGAGGCCGCTTATGCACTCACGCCCGTGCAC‑CAGCGCGCCTCGCTGCATGCACGTATCGCCCTGGCCATGCGCCAGGCTTGGCCAGGGCGAACGCACGAGGTGTTGTTCGAGCTCGCCAGCCAGCTACAACGCGCCAGCCCCTGCGGGTTTGCAGCGGATGACTGCGAAGCGTTCCTGCAGCTTTTACGCGAAGCCGCATCATG > NC_002947/5981305‑5981603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |