Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,797,549 | A→T | 7.0% | L163Q (CTG→CAG) | vdh ← | vanillin dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,797,549 | 0 | A | T | 7.0% | 368.4 / 11.8 | 123 | L163Q (CTG→CAG) | vdh | vanillin dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/52); new base T (6/3); total (67/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCATG > NC_002947/3797400‑3797698 | cgacgaTGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCa < 2:901859/150‑1 (MQ=255) gacgaTGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAg > 2:2248133/1‑150 (MQ=255) cgaTGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCg < 1:550039/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCa < 1:1771883/150‑1 (MQ=255) tGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGATCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCa < 2:1902564/150‑1 (MQ=255) ggCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCTGGCCTGCGGCaa < 1:66612/150‑2 (MQ=255) ggCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCat < 2:35369/150‑1 (MQ=255) gCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCatg < 2:1866927/150‑1 (MQ=255) 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caCCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAggg > 1:2291952/1‑150 (MQ=255) caCCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAggg > 1:2283361/1‑150 (MQ=255) tGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGgcgcg > 1:985672/1‑150 (MQ=255) gCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCg < 2:1129415/71‑1 (MQ=255) gCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCg > 1:1129415/1‑71 (MQ=255) gCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCAc < 1:2154758/115‑1 (MQ=255) 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gAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAg > 1:243575/1‑150 (MQ=255) aGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAgg < 1:1006806/150‑1 (MQ=255) gCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACAAAGCCGATGGGCGCGCGCGTGGCTCTGGGTATGCTTCCGGGAACGTCCGAgggg > 2:1204613/1‑150 (MQ=255) ccTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACAGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGa < 2:380124/150‑1 (MQ=255) ttGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATc < 1:953334/150‑1 (MQ=255) accacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTcc > 2:1459839/1‑149 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCaa > 1:150032/1‑81 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCaa < 2:150032/81‑1 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAgg < 2:1014524/95‑1 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAgg > 1:1014524/1‑95 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCAcc > 2:1175917/1‑150 (MQ=255) cacGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGAGTAACACTTCAcc > 2:662792/1‑150 (MQ=255) acGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGAATCTCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCg < 1:1204613/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCGCCGGGGCGTTCCGCGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGACCGAGCGGAGCACTTCACCgg > 2:1322222/1‑150 (MQ=255) gtgtTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTg < 1:2189057/150‑1 (MQ=255) atGC‑CGCTGGCCTGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATc > 1:686570/2‑150 (MQ=255) atGC‑CGCTGGCCTGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATc > 2:779883/2‑150 (MQ=255) tGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCt < 1:1175917/150‑1 (MQ=255) c‑cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGc > 2:546444/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCAtt > 2:528265/1‑101 (MQ=255) cGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCAtt < 1:528265/101‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGt > 2:1561369/1‑150 (MQ=255) aGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTgg < 2:1281450/150‑1 (MQ=255) ccAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCa < 2:1742389/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCAt < 1:986751/150‑1 (MQ=255) aGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCATg > 1:1469306/1‑150 (MQ=255) aGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCATg < 1:1713725/150‑1 (MQ=255) | CGACGATGGCGGGGGCATCCTGCGGCGCATTGCTGATGACATTGACCACGCCGTCGCCGATGCCTGCATCGTGCAGCACCTGGCCGATCAGCCGATGGACCGCCGGGCTCAGCTCCGAGGCCTTGAGCACCACGGTGTTGC‑CGCAGGCCAGCGGCATGGCAATGGCACGCGTGGCCAGTATCACCGGGGCGTTCCACGGTGCGATGCCCAACACCACGCCGCAGGGCGCGCGCAGGGCCATTGCGAAGCTGCCGGGAACGTCCGAGGGGATCACTTCACCGGTGATCTGCGTGGTCATG > NC_002947/3797400‑3797698 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |