Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,871,934 | G→T | 7.8% | S164* (TCG→TAG) ‡ | PP_3420 ← | sensor histidine kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,871,934 | 0 | G | T | 7.8% | 318.4 / 7.1 | 102 | S164* (TCG→TAG) ‡ | PP_3420 | sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/46); new base T (5/4); total (52/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTTCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGA > NC_002947/3871788‑3872081 | tttCCACTATGGCCAGCACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGc < 2:1221877/150‑1 (MQ=255) tCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCgg > 2:1886825/1‑150 (MQ=255) caccaTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACATCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGTTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTGCTGCTCCTCACGATCAGCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGaa < 1:921529/150‑1 (MQ=255) caTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGgc < 2:266822/150‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAg < 2:760913/137‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAg > 1:760913/1‑137 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg > 1:2150473/1‑146 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg < 2:2150473/146‑1 (MQ=255) gTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCaa < 1:283053/150‑1 (MQ=255) tACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 1:714483/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGa < 1:397704/150‑1 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc > 2:39860/1‑150 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc < 1:1565641/150‑1 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 2:1925683/1‑143 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg < 1:1925683/143‑1 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt > 2:1377813/1‑132 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt < 1:1377813/134‑3 (MQ=255) ccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAg > 1:216299/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCct < 2:1980497/150‑1 (MQ=255) tGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTa < 2:714483/150‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCg > 1:404805/1‑150 (MQ=255) gAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCg > 1:1374858/1‑150 (MQ=255) gCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGc < 1:2354085/150‑1 (MQ=255) gATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAAt > 1:2184649/1‑150 (MQ=255) aTGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATc > 1:1088844/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTc > 2:689131/1‑150 (MQ=255) ttCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTcc > 1:65811/1‑150 (MQ=255) tcGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACg > 1:1210559/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg > 2:1202580/1‑112 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg < 1:1202580/112‑1 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGtt > 1:65744/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:849259/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 1:681867/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGACAATCGCCTT‑TTCTATCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGACATCCGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtgg > 1:2253463/1‑150 (MQ=255) 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gCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGAc < 2:65744/150‑1 (MQ=255) tgCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGt < 1:39860/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAGAAACTTCTGCGCCTCCCGATCATCCGCA‑ACCTCGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCTGGCGGCGGGCGCGCTCATGGCCGCCATCTGCCTCTATCGCGTTGCCTTTCAGGTCCACGTTGGTGGACCAGCCAgtggtg < 2:4167/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAAACTTCTGCTCCTCCCGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCCATTCCATGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCg < 1:1880663/150‑1 (MQ=255) gcTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACTGTTGTGGACCAGACAATGTTGCGGt > 2:1722020/1‑150 (MQ=255) gAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTcgc > 1:89546/1‑150 (MQ=255) aaCTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCgg < 2:681867/150‑1 (MQ=255) tcctcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACa < 1:849259/150‑1 (MQ=255) ctcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCa > 1:2165785/1‑79 (MQ=255) ctcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCa < 2:2165785/79‑1 (MQ=255) tcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTg > 1:2303509/1‑150 (MQ=255) tcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTg < 2:1035659/150‑1 (MQ=255) tcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTg < 2:1374858/150‑1 (MQ=255) tcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTg > 2:207482/1‑150 (MQ=255) tcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTg > 1:391105/1‑150 (MQ=255) gATTATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCa > 2:60185/1‑150 (MQ=255) gATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCa < 1:1573315/71‑1 (MQ=255) 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cTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCgg > 2:347026/1‑150 (MQ=255) ttGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGc > 1:476746/1‑150 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 2:476746/150‑1 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 1:2102975/150‑1 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 2:1522366/150‑1 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGgt > 1:1323306/1‑139 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGgt < 2:1323306/139‑1 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGt < 1:202540/150‑1 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAgg > 2:943944/1‑132 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAgg < 1:943944/132‑1 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGa > 2:779659/1‑150 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGa > 2:2178895/1‑150 (MQ=255) gAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGa > 1:1043706/1‑150 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc > 1:1917593/1‑73 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc < 2:1917593/73‑1 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc > 1:406442/4‑144 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc < 2:406442/141‑1 (MQ=255) acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCNAGATCGCCATCAGCNTCTANCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGGCATGCTCg > 1:193018/1‑150 (MQ=255) acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAACGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCg > 1:877972/1‑150 (MQ=255) ccGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAATATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTTCCTATCGCCACCACGATGGTGGACCATACACTGTTGCTGTCGCGGGCATAGACATTTGCCAACAAGGTGTACCACCGGTACTCGACATGATCGa < 2:1088844/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACCTTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGGGCGCAACATGATCGAg > 2:1722003/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg < 1:779659/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:94825/1‑150 (MQ=255) cGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:497143/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACAGTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAgg < 2:1311907/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGaa > 1:1464008/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2254540/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2253463/150‑1 (MQ=255) gcgAGCGGAAGGCGCACCCAACATCGCCATCAGCCTCGATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGTTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGa < 2:1698542/150‑1 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:447275/1‑63 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg < 1:447275/63‑1 (MQ=255) | TTTCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGA > NC_002947/3871788‑3872081 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |