| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,871,935 | A→C | 6.7% | S164A (TCG→GCG) ‡ | PP_3420 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,871,935 | 0 | A | C | 6.7% | 283.6 / 8.9 | 105 | S164A (TCG→GCG) ‡ | PP_3420 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/48); new base C (4/3); total (53/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TTTCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCC > NC_002947/3871788‑3872084 | tttCCACTATGGCCAGCACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGc < 2:1221877/150‑1 (MQ=255) tCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCgg > 2:1886825/1‑150 (MQ=255) caTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGgc < 2:266822/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGgcg < 2:2196557/150‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAg > 1:760913/1‑137 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAg < 2:760913/137‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg < 2:2150473/146‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg > 1:2150473/1‑146 (MQ=255) gTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCaa < 1:283053/150‑1 (MQ=255) tACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 1:714483/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGa < 1:397704/150‑1 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc < 1:1565641/150‑1 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc > 2:39860/1‑150 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 2:1925683/1‑143 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg < 1:1925683/143‑1 (MQ=255) aCCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATc > 1:2146008/1‑150 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt > 2:1377813/1‑132 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt < 1:1377813/134‑3 (MQ=255) ccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAg > 1:216299/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCct < 2:1980497/150‑1 (MQ=255) tGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTa < 2:714483/150‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCg > 1:1374858/1‑150 (MQ=255) gCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGc < 1:2354085/150‑1 (MQ=255) 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gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg < 1:1202580/112‑1 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg > 2:1202580/1‑112 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGtt > 1:65744/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 1:681867/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:849259/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGACAATCGCCTT‑TTCTATCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGACATCCGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtgg > 1:2253463/1‑150 (MQ=255) 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2:2178895/1‑150 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGa > 2:779659/1‑150 (MQ=255) gAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGa > 1:1043706/1‑150 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc < 2:1917593/73‑1 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc > 1:1917593/1‑73 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc > 1:406442/4‑144 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc < 2:406442/141‑1 (MQ=255) acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAACGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCg > 1:877972/1‑150 (MQ=255) ccGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAATATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTTCCTATCGCCACCACGATGGTGGACCATACACTGTTGCTGTCGCGGGCATAGACATTTGCCAACAAGGTGTACCACCGGTACTCGACATGATCGa < 2:1088844/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACCTTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGGGCGCAACATGATCGAg > 2:1722003/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:94825/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg < 1:779659/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg < 1:60185/150‑1 (MQ=255) cGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:497143/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACAGTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAgg < 2:1311907/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGaa > 1:1464008/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2254540/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2253463/150‑1 (MQ=255) gcgAGCGGAAGGCGCACCCAACATCGCCATCAGCCTCGATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGTTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGa < 2:1698542/150‑1 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:447275/1‑63 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg < 1:447275/63‑1 (MQ=255) aGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGAAACTCGAAcc < 2:404805/150‑1 (MQ=255) | TTTCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTGCGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCC > NC_002947/3871788‑3872084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |