| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,871,939 | G→C | 6.7% | F162L (TTC→TTG) | PP_3420 ← | sensor histidine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,871,939 | 0 | G | C | 6.7% | 324.3 / 12.1 | 104 | F162L (TTC→TTG) | PP_3420 | sensor histidine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/49); new base C (4/3); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCCGGG > NC_002947/3871790‑3872087 | caTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGgc < 2:266822/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGgcg < 2:2196557/150‑1 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg > 1:2150473/1‑146 (MQ=255) ccAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcg < 2:2150473/146‑1 (MQ=255) gTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCaa < 1:283053/150‑1 (MQ=255) tACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 1:714483/1‑150 (MQ=255) aCCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGa < 1:397704/150‑1 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc > 2:39860/1‑150 (MQ=255) cTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATc < 1:1565641/150‑1 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg > 2:1925683/1‑143 (MQ=255) tCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAg < 1:1925683/143‑1 (MQ=255) aCCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATc > 1:2146008/1‑150 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt < 1:1377813/134‑3 (MQ=255) cccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTCCGCTCGCGCAAGgcggt > 2:1377813/1‑132 (MQ=255) ccTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAg > 1:216299/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCct < 2:1980497/150‑1 (MQ=255) tGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTa < 2:714483/150‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCg > 1:1374858/1‑150 (MQ=255) gAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCg > 1:404805/1‑150 (MQ=255) gCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGc < 1:2354085/150‑1 (MQ=255) gATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAAt > 1:2184649/1‑150 (MQ=255) aTGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATc > 1:1088844/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTc > 2:689131/1‑150 (MQ=255) ttCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTcc > 1:65811/1‑150 (MQ=255) tcGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACg > 1:1210559/1‑150 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg > 2:1202580/1‑112 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCg < 1:1202580/112‑1 (MQ=255) gATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGtt > 1:65744/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:849259/1‑150 (MQ=255) aTGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 1:681867/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGACAATCGCCTT‑TTCTATCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGACATCCGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtgg > 1:2253463/1‑150 (MQ=255) tGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTAC‑CAGCATAAAGAAAAGATCTTGTGATAGCTGGCTGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtgg > 1:2254540/1‑150 (MQ=255) gAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtggt < 1:418937/150‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCa > 1:1375860/1‑136 (MQ=255) aaCAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCa < 2:1375860/136‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtggtg < 2:794735/150‑1 (MQ=255) gTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCa < 2:1755396/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGAc < 2:65744/150‑1 (MQ=255) gcgcgcAGAAACTTCTGCGCCTCCCGATCATCCGCA‑ACCTCGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCTGGCGGCGGGCGCGCTCATGGCCGCCATCTGCCTCTATCGCGTTGCCTTTCAGGTCCACGTTGGTGGACCAGCCAgtggtg < 2:4167/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAAACTTCTGCTCCTCCCGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCCATTCCATGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑Cg < 1:1880663/150‑1 (MQ=255) gcTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACTGTTGTGGACCAGACAATGTTG‑CGGt > 2:1722020/1‑150 (MQ=255) gAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTcgc > 1:89546/1‑150 (MQ=255) aaCTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCgg < 2:681867/150‑1 (MQ=255) tcctcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACa < 1:849259/150‑1 (MQ=255) ctcACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCa > 1:2165785/1‑79 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ccTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCg < 1:689131/150‑1 (MQ=255) ccTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCg > 1:1522366/1‑150 (MQ=255) cTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCgg > 2:347026/1‑150 (MQ=255) ttGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGc > 1:476746/1‑150 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 2:1522366/150‑1 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 1:2102975/150‑1 (MQ=255) gtgATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAg < 2:476746/150‑1 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGgt < 2:1323306/139‑1 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGgt > 1:1323306/1‑139 (MQ=255) gATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGt < 1:202540/150‑1 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAgg > 2:943944/1‑132 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAgg < 1:943944/132‑1 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGa > 2:2178895/1‑150 (MQ=255) tGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGa > 2:779659/1‑150 (MQ=255) gAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGa > 1:1043706/1‑150 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc < 2:1917593/73‑1 (MQ=255) ac‑acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCAc > 1:1917593/1‑73 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc < 2:406442/141‑1 (MQ=255) gtgcGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGAc > 1:406442/4‑144 (MQ=255) acCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAACGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCg > 1:877972/1‑150 (MQ=255) ccGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAATATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTTCCTATCGCCACCACGATGGTGGACCATACACTGTTG‑CTGTCGCGGGCATAGACATTTGCCAACAAGGTGTACCACCGGTACTCGACATGATCGa < 2:1088844/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACCTTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGGGCGCAACATGATCGAg > 2:1722003/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:94825/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg < 1:779659/150‑1 (MQ=255) cGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg < 1:60185/150‑1 (MQ=255) cGCCTTCCGCTCGCGCAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAg > 1:497143/1‑150 (MQ=255) gCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACAGTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAgg < 2:1311907/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGaa > 1:1464008/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2254540/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAAc < 2:2253463/150‑1 (MQ=255) gcgAGCGGAAGGCGCACCCAACATCGCCATCAGCCTCGATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGTTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGa < 2:1698542/150‑1 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg < 1:447275/63‑1 (MQ=255) gAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTtg > 2:447275/1‑63 (MQ=255) aGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGAAACTCGAAcc < 2:404805/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCACCCTTAAACCTCGGGCCAAGCATCTCCACGTTGCTGGACCAGGCCATAGCAACTTACTCAGG‑TGCGATAGGTGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACGCGATCCg > 1:2388813/1‑150 (MQ=255) cGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACCTTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCCgg < 2:2034039/150‑1 (MQ=255) ggAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCCggg > 2:778045/1‑150 (MQ=255) | TCCACCATGGCCAGTACCTGCTCACCCTGGCTGTCGAACAGCGGGATGTAGTTCTCGATGAACAGGTAGCGTGGTGCGCGCTGAAACTTCTGCTCCTCACGATCATCCGCA‑ACCTTGTGATAGCTGGCCGAC‑ACCGCCTTGCGCGAGCGGAAGGCGCGCTCAAGATCGCCATCAGCCTCTATCCGCTTGCCAATCAGCTCCACGTTGGTGGACCAGACAATGGTG‑CGGTCGCGGGCATAGACATTGGCCAGCAAGGTGTCCGGCAGGTGCTCGACATGATCGAGGAACTCGATCCGGG > NC_002947/3871790‑3872087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |