| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,876,231 | C→G | 5.1% | L227V (CTG→GTG) | xcpS → | type II secretion pathway protein XcpS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,876,231 | 0 | C | G | 5.1% | 382.7 / 8.7 | 117 | L227V (CTG→GTG) | xcpS | type II secretion pathway protein XcpS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/54); new base G (3/3); total (60/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GCTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTATCGCT > NC_002947/3876083‑3876378 | gCTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACt < 2:762047/150‑1 (MQ=255)gCTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACt < 1:2015938/150‑1 (MQ=255) tggtggGAGGCGGTGTGGTGATGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTgg > 2:2340224/1‑150 (MQ=255) gtggGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGgcg > 1:2093418/1‑150 (MQ=255) gggAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCt < 2:1651549/150‑1 (MQ=255) ggCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCAGTGGCGCttgct < 2:1821939/150‑5 (MQ=255) ggTGTGGTGCTTTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCAGTGGCGCttgctggg < 1:370956/150‑8 (MQ=255) gtgtGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCg > 1:812525/1‑150 (MQ=255) gtgCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGt > 1:58116/1‑150 (MQ=255) tgCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTg < 1:1370911/150‑1 (MQ=255) gCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGACCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTgg < 2:310628/150‑1 (MQ=255) cTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTggg < 2:319841/150‑1 (MQ=255) cTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTggg > 1:906898/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCTGCTCGGCGATGTGGTGCCGCGTTTAAACAAGATATTGGAGGCCATTTGCACCGAGCTACCCTGGTCATCTCGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGAATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTggg < 1:1115998/150‑1 (MQ=255) gTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGt > 2:1175826/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTc > 1:2052552/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTcgcg > 1:1571413/1‑150 (MQ=255) tCGTCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTAAACTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGgcgc > 2:1521281/1‑150 (MQ=255) 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cATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTg < 2:1225383/150‑1 (MQ=255) cATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTg < 1:771647/150‑1 (MQ=255) gtGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTgg > 1:905199/2‑150 (MQ=255) gtGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTgg > 2:1540614/2‑150 (MQ=255) aTGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTgg < 2:1385447/150‑1 (MQ=255) tGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGTACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGgc < 2:1577893/150‑1 (MQ=255) cccAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGgcgc < 1:1715807/107‑1 (MQ=255) cccAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGgcgc > 2:1715807/1‑107 (MQ=255) ccAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGcgcg > 1:1061649/1‑150 (MQ=255) cAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCATCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTTCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGt > 1:545280/1‑150 (MQ=255) gCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGttt < 2:812525/150‑1 (MQ=255) ccaGCGCCAGTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCa > 1:1626544/3‑92 (MQ=255) ccaGCGCCAGTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCa < 2:1626544/90‑1 (MQ=255) ccaGCGCCAGTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTc > 2:155959/3‑150 (MQ=255) ccaGCGCCAGTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTc > 1:2086395/3‑150 (MQ=255) aaGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCt < 2:2243391/150‑1 (MQ=255) gcgcCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAt < 2:1571413/150‑1 (MQ=255) gcgcCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAt < 1:1847267/150‑1 (MQ=255) gcCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCGTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAtcg > 1:1413330/1‑150 (MQ=255) cACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGGGTGTACGGTACGGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAtcgct < 1:1942312/150‑1 (MQ=255) cACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAtcgct > 2:1053706/1‑150 (MQ=255) cACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTAtcgct > 2:886222/1‑150 (MQ=255) | GCTGGTGGGAGGCGGTGTGGTGCTGTTCCTGCTCGGCTATGTGGTGCCGCGTTTCAGCCAGGTGTTCGAAGGCATGGGCACCGAGCTACCCTGGCTGTCACGGGTGCTGATGCAGGTCGGCCTGTTTCTGCATGCCCAGCAAGCGCCACTGGCGCTGGGCACCGTCGGTGGGGTCGCGGCGCTTTGGCTGCTGCGCCGGCACCCGCGTGTACGGTACTGGGCCTCCTGCCAGCTGCGGCGCCTGCCCGCACTGCACCAGCGCCTGATGATGTACGAGCTGGCGCGTTTCTATCGCT > NC_002947/3876083‑3876378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |