Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 3,881,873 | A→T | 7.5% | Q163L (CAG→CTG) | oprN → | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 3,881,873 | 0 | A | T | 7.5% | 305.1 / 12.0 | 103 | Q163L (CAG→CTG) | oprN | multidrug RND transporter outer membrane protein OprN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/47); new base T (4/4); total (52/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CCCCGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTGGGC > NC_002947/3881727‑3882021 | ccccGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGtt > 1:131992/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCAGACCACCGAGAGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGtt > 1:1141522/1‑150 (MQ=255) cccGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACTGTTg < 2:2185268/150‑1 (MQ=255) ccGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGGCCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGc > 1:2269711/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGGCCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCa < 2:2269711/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCa < 2:1888169/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCa < 1:328871/150‑1 (MQ=255) ccAGACCACCGAGCGGGGCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGAAGCAggc > 2:1713501/1‑149 (MQ=255) 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ggCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCa < 2:1141522/150‑1 (MQ=255) ggCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCa > 1:1490715/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAg > 1:1293274/1‑150 (MQ=255) cTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGtt < 2:1108220/150‑1 (MQ=255) tGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTg > 2:1048664/1‑150 (MQ=255) 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cGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCt < 2:1490715/150‑1 (MQ=255) ggCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTgg < 1:878475/150‑1 (MQ=255) gcATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCa > 2:1613186/1‑150 (MQ=255) gcATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGAAGGTCAGCGTTATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGACAAGATGGCCCTGGCCa > 2:81629/1‑150 (MQ=255) cATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTgcgc > 1:1138501/1‑130 (MQ=255) cATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTgcgc < 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gACCTGCAACTGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATg > 1:1929248/1‑46 (MQ=255) aCCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCgg > 2:825510/1‑150 (MQ=255) tGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCa < 2:1827966/123‑1 (MQ=255) tGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCa > 1:1827966/1‑123 (MQ=255) gCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGt > 1:1472888/1‑150 (MQ=255) gCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGt > 2:1624761/1‑150 (MQ=255) cAACTGTTGCAGGTCGGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTg > 1:1630609/1‑150 (MQ=255) aaCAGTTGCAGGTCAGGCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTgg < 2:701471/150‑1 (MQ=255) aaCAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTgg > 2:51597/1‑150 (MQ=255) aCAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTggg < 2:924744/150‑1 (MQ=255) aCAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTggg < 2:1930554/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCAGGTCAGCCTGATAGCAGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGGCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTGGGc > 2:1845772/1‑150 (MQ=255) | CCCCGGCCAGACCACCGAGCGGGTCAATAGCGAGCGCTACGACCTGGGCCTGGACATGGCCTGGGAGCTTGACCTGTTCGGGCGCATCCAGCGCCAGATCGAAGCCAGCGAAGCCCAGGAAGCGGTTGCCGCCGCCGACCTGCAACAGTTGCAGGTCAGCCTGATCGCCGAACTGGTCGATGCCTACGGGCAACTGCGCGGTGCCCAGTTGCGCGAAAAGATCGCCCTGGCCAACCTGAAGACCCAGCAGGAATCACGCACCATTACCGAAACCCTGCGCGATGCGGGCGTGGGC > NC_002947/3881727‑3882021 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |