Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,021,409 | C→G | 5.6% | *314S (TGA→TCA) | PP_3547 ← | NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,021,409 | 0 | C | G | 5.6% | 323.5 / 8.2 | 107 | *314S (TGA→TCA) | PP_3547 | NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (55/45); new base G (4/2); total (60/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.92e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CTCAAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTCA > NC_002947/4021260‑4021558 | cTCAAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTc > 1:1070131/1‑150 (MQ=255) tCAAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCa > 2:741291/1‑150 (MQ=255) tCAAGGTGCTGTTGACCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCa > 1:1352289/1‑150 (MQ=255) tGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTGAGcgcccgtc > 2:1747499/1‑148 (MQ=255) tGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTGAGcgcccgtc < 1:1747499/150‑3 (MQ=255) tGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGcgcccgcc < 1:1635665/150‑1 (MQ=255) ttGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGGCGGGCGCTGAGcgcccgtcaa < 2:1784672/150‑5 (MQ=255) tCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAg < 1:1349575/150‑1 (MQ=255) 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tACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa < 2:1221433/150‑1 (MQ=255) tACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa < 1:491957/150‑1 (MQ=255) tACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa > 1:1821079/1‑150 (MQ=255) tACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGAGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa > 1:1023100/1‑150 (MQ=255) tACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACCTTGGTCTCTCCGAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGa < 1:24817/150‑1 (MQ=255) 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ctgctgGAC‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTAGCTGGGGTTGACGGTGTGATATGATGCGTTGTCAGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGa < 1:280551/150‑1 (MQ=255) tgctgGCA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCAATCACGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAg < 1:1705854/150‑1 (MQ=255) tgctgGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAg > 1:2305335/1‑150 (MQ=255) ctgGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGcc < 1:638521/117‑1 (MQ=255) ctgGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGcc > 2:638521/1‑117 (MQ=255) ggAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCt > 1:60824/1‑66 (MQ=255) gAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCTAGCCAGCTTCGAGCTTGc > 2:1262285/1‑150 (MQ=255) gAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGc > 2:1921938/1‑150 (MQ=255) ccTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGa > 2:170547/1‑150 (MQ=255) ccTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGa < 2:110358/150‑1 (MQ=255) cTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAc > 1:109982/1‑150 (MQ=255) cTTGACGGGCGCCCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAc < 1:2006765/150‑1 (MQ=255) ttGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAcg > 1:452674/1‑150 (MQ=255) tGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAcgc < 1:1557794/150‑1 (MQ=255) gggcGGGCGCTGAGCGCCCGTCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGAcgc > 2:2158788/4‑150 (MQ=255) gcGGGCGCTGAGCGCCCGCCGCCAAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTAATAGCAACACCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCgg > 2:1638405/2‑150 (MQ=255) gggCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTc > 1:328342/1‑150 (MQ=255) gggCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTc < 2:417217/150‑1 (MQ=255) gggCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTc > 2:2128655/1‑150 (MQ=255) cgcTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCgg < 1:627870/150‑1 (MQ=255) tCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTc > 2:150213/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTCa < 1:1328452/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTCa < 1:170547/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTCa < 2:1861946/150‑1 (MQ=255) | CTCAAGGTGCTGTTGATCACCGGCTACGATGAGAGTGCGGCGTTCAGCGACGGCCAACCGCTGCAAGGTACGTTGGTGTTGACCAAGCCGTTCGAACTGGAAGCACTGGCAGAGCGGGTTCGCGAGCTGCTGGAA‑CCTTGACGGGCGCTCAGCGCCCGCCGCCCAGGTCGATGAGGCTGCCGGTGGCATAGGAGGCTTTGTCCGAAAGCAACCAGAGGATGGCCTCGGCCACTTCCTCGGGACGCCCCCCTCGGCCCATGGGCAAGCCAGGTTCGAGCTTGCTGACGCGGTCCGGGTCA > NC_002947/4021260‑4021558 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |