| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,150,079 | A→T | 5.9% | intergenic (+34/‑363) | PP_3654 → / → PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,150,079 | 0 | A | T | 5.9% | 236.5 / 5.8 | 84 | intergenic (+34/‑363) | PP_3654/PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/43); new base T (2/3); total (38/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
CCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCCT > NC_002947/4149932‑4150227 | ccGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAC < 1:1874613‑M1/150‑1 (MQ=255)ccGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAC > 1:247803‑M1/1‑150 (MQ=255) cGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCATGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGC < 1:707145‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcgaa < 1:2307048/150‑3 (MQ=255) gAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCa > 2:1567533/1‑150 (MQ=255) aaGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCaa > 2:2108885/1‑150 (MQ=255) gCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAg < 2:1300523/150‑1 (MQ=255) aTGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCCGCCGCCGCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGAc < 1:436119/150‑1 (MQ=255) tGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACg < 1:170820/150‑1 (MQ=255) gAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCCCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGc > 2:121141/1‑150 (MQ=255) ccTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcaccttt > 1:693575‑M1/1‑125 (MQ=255) ccTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcgaagg > 1:139966/1‑126 (MQ=255) ccTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCcgcgaagg < 2:139966/130‑5 (MQ=255) ccTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTc < 1:2108885/150‑1 (MQ=255) cTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCg > 2:319632/1‑150 (MQ=255) tGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgc < 2:693575‑M1/150‑28 (MQ=255) aCCAGTATTCCTAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAg < 1:1165362/150‑1 (MQ=255) aCCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAg < 2:1491883/150‑1 (MQ=255) 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tATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgcg > 1:2021610‑M1/1‑116 (MQ=255) tATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATAGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgc > 1:733333‑M1/1‑116 (MQ=255) tATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATAGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgc < 2:733333‑M1/149‑34 (MQ=255) aTTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcccctttgcaggcgcgg < 2:90971‑M1/150‑36 (MQ=255) ttCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgcggg < 2:2021610‑M1/150‑37 (MQ=255) ttCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAgcggg > 1:1481330‑M2/1‑145 (MQ=255) ccAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGTAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAgcgggttt > 1:2305502‑M2/1‑142 (MQ=255) aaCGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAgcgggtttacccgcgaa < 1:1503717‑M2/150‑18 (MQ=255) cGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTACACTTTTCACCTTCTCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAaga < 2:566010/150‑1 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgc < 2:1135549‑M1/132‑34 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttgcaggcgc > 1:1135549‑M1/1‑99 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:2431477/150‑1 (MQ=255) gCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag > 2:741943/1‑150 (MQ=255) ttGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCaaa < 2:1094481/106‑1 (MQ=255) ttGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCaaa > 1:1094481/1‑106 (MQ=255) tCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGccc > 2:2152926/1‑150 (MQ=255) cGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCa < 1:741943/150‑1 (MQ=255) cGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCa < 1:99277/150‑1 (MQ=255) agcTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGCATCGGCTGCAAAAACCCGGCAGC‑‑TTTGGTCTTGTGCCGGCCCCTTCACAGTTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAgg < 1:1741210/148‑1 (MQ=19) aCCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAgg < 1:2201834/150‑1 (MQ=255) aCCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAgg < 2:247803/150‑1 (MQ=255) aCCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAgg < 1:319632/150‑1 (MQ=255) tGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGNAAc < 2:1503717/150‑1 (MQ=255) atgaAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTc < 2:778378/150‑1 (MQ=255) tgaAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCa < 2:581972/150‑1 (MQ=255) aaggaagTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATc < 1:1567533/150‑1 (MQ=255) aagTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGcc < 1:2152926/150‑1 (MQ=255) tCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGaaa > 1:2256820/1‑150 (MQ=255) tCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGACTAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTCCATCTGCCCTCaaa > 1:1840378/1‑150 (MQ=39) tCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCATGGAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGaaa > 1:1593064/1‑150 (MQ=255) cAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCCTAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAAc > 2:1198807/1‑150 (MQ=255) 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gggTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCcgccgc > 1:1253896/1‑150 (MQ=255) ggTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCgccgcc < 1:419410/150‑1 (MQ=255) aaaCCCGCtcctgcgacgggctacgtcacctttacaggcgcgggtttacccgcgaaggggccggcacaagaggaaacagctacatggggagcaaccgatcctggatcacttccttcatcaccaaggtcgagctcaagcgtttcacattgg > 1:2305502‑M1/1‑8 (MQ=255) | CCGGCGTTTCAGAAGCTGTATGACGAGCACCTGACCAGTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGC‑‑TCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGCAAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCCT > NC_002947/4149932‑4150227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |