| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,035 | 0 | A | G | 7.1% | 282.9 / 8.7 | 99 | intergenic (+121/+68) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/43); new base G (3/4); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CATCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGA‑AGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACG > NC_002947/343888‑344182 | catcTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGACGTTACAAATCACAGAcaacaacaa > 2:732507/1‑150 (MQ=255) ttCCATGTCGGACGGGAATGGTTTGTCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAGAAACCCGcct > 2:1797682/1‑148 (MQ=255) aTGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAg‑g > 2:1035837/1‑150 (MQ=255) 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CATCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCACCAGAAGCTTGA‑AGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGACG > NC_002947/343888‑344182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |