Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,272,817 | G→A | 5.8% | V23I (GTC→ATC) | PP_3743 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,272,817 | 0 | G | A | 5.8% | 359.8 / 8.6 | 121 | V23I (GTC→ATC) | PP_3743 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/54); new base A (2/5); total (61/60) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.07e-01 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
AAGGGAACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTG > NC_002947/4272669‑4272960 | aaGGGAACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGt < 1:688694/150‑1 (MQ=255) aGGGAACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTCTTTTACTATGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTc > 1:1240622/1‑150 (MQ=255) cTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCg > 2:518954/1‑150 (MQ=255) tACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTc < 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gCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTCGCCCGCATCGACGCGGGccagggca < 2:1950916/150‑8 (MQ=255) gCCCCCGCCGTCTTAGATACAGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTCGCCCGCATCGACGCGGGccagggca < 2:771675/150‑8 (MQ=255) ccccGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCACGTCGATGCGGGCGACGTCGcc > 2:1199252/1‑150 (MQ=255) ttAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCg > 2:357699/1‑150 (MQ=255) aGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGAt < 2:1260287/123‑1 (MQ=255) aCTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGt > 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gTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCCGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCg > 2:771423/1‑150 (MQ=255) tttCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTa < 1:554928/150‑1 (MQ=255) tgtgCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGAc < 1:2057068/150‑1 (MQ=255) tgtgCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGAAAATTCTGTCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGAc < 2:1797473/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGAc > 1:772956/1‑150 (MQ=255) ttCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCgg > 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aCTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGgacgac < 1:1837662/150‑1 (MQ=255) tGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGc > 1:2292379/1‑87 (MQ=255) tGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGc < 2:2292379/87‑1 (MQ=255) tGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACaa > 2:105859/1‑150 (MQ=255) ggAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGt > 1:955312/1‑80 (MQ=255) gagaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGTTGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAAc < 1:743365/150‑1 (MQ=255) gagaACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTc < 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acacGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTACTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGat < 2:1596799/150‑1 (MQ=255) cacGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGatc > 1:513651/1‑150 (MQ=255) cacGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGatc < 1:583117/150‑1 (MQ=255) cacGACATGCGCCACCTACTGCTCGCACCTGCGCAACTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGatc > 1:789021/1‑150 (MQ=255) acGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGatca > 2:2373984/1‑150 (MQ=255) 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< 1:1609914/132‑1 (MQ=255) ctgccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCa > 2:851096/1‑150 (MQ=255) tgccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTANCAt < 2:1509772/150‑1 (MQ=255) gccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATc < 2:424777/150‑1 (MQ=255) gccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATc < 1:357699/150‑1 (MQ=255) gccGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATc < 1:358021/150‑1 (MQ=255) cccTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATcc > 2:775062/1‑93 (MQ=255) cccTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCt > 1:2069515/1‑150 (MQ=255) tcgCCCGCATCGACGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtg > 2:154809/3‑150 (MQ=255) ggCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtgt < 1:2094968/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtgtg > 1:2202312/1‑150 (MQ=255) gCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTAtgtg < 2:1008688/150‑1 (MQ=255) | AAGGGAACTACCCCAACGCCCCCGCCGTCTTAGATACTGAGTGGTTTATTTCCCTGTGCTTCACGCTACTGGAGAACACGACATGCGCCACCTACTGCTCGCCCCTGCGCTGCTGCTCCTGATGCCTGCCGGTGCTGCCCTGGCCCGCGTCGATGCGGGCGACGTCGCCACCTCGGCCGGTATTTCCGCTTCGCTGTATTCGACCTTCAAGGACGACAAACGGATCATCCCTGCCCGTGACGAACTTTCAGCGTTCGTCGCCAGCGGCGGTACCATCCGCGGCGCCTATGTG > NC_002947/4272669‑4272960 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |