| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,288,185 | C→G | 7.8% | R55P (CGG→CCG) | PP_3759 ← | CheB‑like methylesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,288,185 | 0 | C | G | 7.8% | 323.0 / 15.0 | 102 | R55P (CGG→CCG) | PP_3759 | CheB‑like methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/48); new base G (5/3); total (51/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGGGCGCGAGAAGTGCACGGGTTCTTCCTGGCTCAGCGACAGCGTCAGGTCGCGCTCCACCGACAAGTGGTAACCCGGCCCCGCCACATAGATCTGCCCGCTGCTGATGCTCTCCTTGTCGCGTGCCTCGCATACCGGCCGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCGATCACCACT > NC_002947/4288037‑4288331 | cGGGCGCGAGAAGTGCACGGGTTCTTCCTGGCTCAGCGACAGCGTCAGGTCGCGCTCCACCGACAAGTGGTAACCCGGCCCCGCCACATAGATCTGCCCGCTGCTGATGCTCTCCTTGTCGCGTGCCTCGCATACCGGCCGATGCAgccg > 2:1892790/1‑150 (MQ=255) cgcgAGAAGTGCACGGGTTCTTCCTGGCTCAGCGACAGCGTCAGGTCGCGCTCCACCGACAAGTGGTAACCCGGCCCCGCCACATAGATCTGCCCGCTGCTGATGCTCTCCTTGTCGCGTGCCTCGCATACCGGCCGATGCAGCcgccgc < 2:424534/150‑1 (MQ=255) cgcgAGAAGTGCACGGGTTCTTCCTGGCTCAGCGACAGCGTCAGGTCGCGCTCCACCGACAAGTGGTAACCAACAGCCAACACATCGAAGCACCCGCGGCTGATGCTCTCCTGGTCGCGTGCCTCGCATACCGGCCGATGCAGCcgccgc < 1:1486631/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCATACCGGCCGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGa < 1:1910940/150‑1 (MQ=255) ccGGCCGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGgcgc < 1:1936366/150‑1 (MQ=255) cGGCCGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGcc < 2:613002/150‑1 (MQ=255) ggtcGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAACACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCg > 1:391987/4‑150 (MQ=255) tgctGCAGCGGCGGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCGATc > 1:863522/4‑150 (MQ=255) gctGCAGCGGCGGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCGATca > 2:2425811/3‑150 (MQ=255) gCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGa < 2:1298494/102‑1 (MQ=255) gCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGa > 1:1298494/1‑102 (MQ=255) gCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCGATcacca < 2:1632723/150‑1 (MQ=255) aGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGACCCATGCCGCCACGCTATAGGCCGTGCCGCTAATCTCCACt < 2:1969532/150‑1 (MQ=255) ccgccgCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGc < 1:768501/75‑1 (MQ=255) ccgccgCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGc > 2:768501/1‑75 (MQ=255) | CGGGCGCGAGAAGTGCACGGGTTCTTCCTGGCTCAGCGACAGCGTCAGGTCGCGCTCCACCGACAAGTGGTAACCCGGCCCCGCCACATAGATCTGCCCGCTGCTGATGCTCTCCTTGTCGCGTGCCTCGCATACCGGCCGATGCAGCCGCCGCT‑GCAGCACGCCAGCCAGTTGGCTGTGGCGGTCGTCCGGCAGGTGCAGCACGCAGAGCACCGGTATGGCGAACGCCGATGGCAGCGTGCCGAGCACCTGGAACAATGCCGCCACGCCACCGGCCGAGGCGCCGATCACCACT > NC_002947/4288037‑4288331 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |