| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 359,657 | T→C | 6.6% | intergenic (+14/+106) | gbdR → / ← PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 359,657 | 0 | T | C | 6.6% | 391.7 / 12.1 | 136 | intergenic (+14/+106) | gbdR/PP_0299 | AraC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/68); new base C (3/6); total (62/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTAGGCTCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCT > NC_002947/359509‑359806 | gTAGGCTCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTC > 1:1965918‑M1/1‑150 (MQ=255) gCTCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCG > 2:1438605‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCG > 2:820982‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCG > 1:991897‑M1/1‑150 (MQ=255) tCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGGCGACATTTGC‑CAGGGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCCGCCTCTTCGCG > 1:1074354‑M1/1‑150 (MQ=255) ccAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGG < 1:874807‑M1/150‑1 (MQ=255) aaCACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCAGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGCCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGc > 2:430506/1‑150 (MQ=255) cgcgCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGGAATACTGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGcc > 1:1995744/1‑150 (MQ=255) 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atgatgCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCCCCCACAGATCAc < 2:111819/150‑1 (MQ=255) gCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt > 2:1127353/1‑150 (MQ=255) cccGAGTCCGCAGGCCATGACCCTTTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCt < 1:2334681/149‑1 (MQ=255) ccGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTg > 1:1633249/1‑150 (MQ=255) cGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGTGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGa < 1:2001931/150‑1 (MQ=255) 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> 2:1110618/1‑99 (MQ=255) aCATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCtgtg < 1:1110618/99‑1 (MQ=255) cATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCAcc > 1:2124808/1‑69 (MQ=255) cATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCAcc < 2:2124808/69‑1 (MQ=255) aTTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTAcgcgag > 2:960853/1‑148 (MQ=255) tgtAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAAt < 2:55837/129‑1 (MQ=255) tgtAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGaa > 1:827621/1‑150 (MQ=255) 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ggCCTCTTAGCGGACCAGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGt > 2:2434315/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggtgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagg < 2:1950405‑M2/150‑72 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTccgcgaaggggccggtgcggtgtcagagccttacactggcaaatgtcgactcattgcgcgcctggctcagg < 2:79986‑M2/150‑72 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGtt > 1:360419/1‑150 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGtt > 1:193352/1‑150 (MQ=255) 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1:1837161‑M2/150‑75 (MQ=255) | GTAGGCTCCAACACCGCGCAGCAGGTGGCCATGATGCCGATTCCGCAGGCCATGACCCTGTCGCCGCACAGCGGGCCGATGGCGGCCCTGAGCCAGGCGCGCAATGAGTCGACATTTGC‑CAGTGTAAGGCT‑CTGACACCGCGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCACCCGCTGAGCTTGAGCCAGCGGTGATCTGTGGGGGCGGGCTTGTTCCGCGAAGGGGCCGGTCCTGGGTAAATGGATTACGCGCGTTTGTTGAACTGCGCCAACGCTGGCAACAGTTGCT > NC_002947/359509‑359806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |